2017年8月18日金曜日

ヨウシュヤマゴボウ

卒論手伝いウロウロで午前中が終了。

気になっていた、茎が赤紫色の植物。果実もなかなか毒々しい色。



ヨウシュヤマゴボウという外来種だと分かった。

午後は、集会に参加してから、成績付けとかして終了。

2017年8月17日木曜日

コシビロの性比とボルバキア

卒論調査手伝いで、ウロウロして終わった。

対象動物が高密度で、作業に予想以上に時間がかかった。

あと、調査地の公園が閉園で入れないとか。バタバタしながらも、最低限の調査はできた。

オオゴキブリが沢山いた。


同所的に生息する2種のコシビロの性比とボルバキアを調べた論文がwebで公開になりました。私は、お手伝い程度の役割でしたが、、、ありがたい。

Seasonality of Wolbachia infection rate in two closely related sympatric species of terrestrial isopods (Isopoda: Armadillidae) in Okayama, Japan, with effects on sex ratio.
Sumi et al. (in press) Journal of Asia-Pacific Entomology

日本産ワラジムシ亜目からのボルバキアの報告は初めて?

すでにwebで公開されているが、まだ、校正中で、オンラインで修正するとリアルタイムで反映されるのだとか。

2017年8月16日水曜日

現実的ではない

maxentも試すが、データの偏りの影響だろうか、あまり現実的ではない推定結果となる種が多い。


あと、成績付けもして終了。

テレビ東京系が映らないので、久しぶりのボクシング世界戦。観ておいて良かった。

井上尚弥と試合して欲しかったが、難しくなったか。

2017年8月15日火曜日

ecospat

ニッチの比較を行う"ecospat"というパッケージがある。

詳細はこの論文に書かれている。

ecospat: an R package to support spatial analyses and modeling of species niches and distributionsValeria.
di Cola et al. (2017) Ecolography, 40: 774–787.

下記論文のAppendixに書かれていたスクリプトが、系統情報なども扱えるようにバージョンアップしてパケージとして配布されたようだ。

Measuring ecological niche overlap from occurrence and spatial environmental data.
Broennimann et al. (2012) Global Ecol. Biogeogr., 21: 481–497.

2地域の分布域のニッチをPCAして、座標に示すことができる。


データを勘違いして、何度もやり直しをしてしまった。

2017年8月7日月曜日

欠航に

GIS関係のデータの整理。久しぶりなので使い方を忘れていたり、生データにミスが見つかったりで中々進まず。

午後に1時間ほど手伝いを挟んで、ほぼ一日没頭した。

完成、、、




最後にミスが発覚したところで終了。

乗る予定だった飛行機が台風で欠航に。

2017年8月4日金曜日

スピードアップ

どうにか再投稿を終えた。

DNA抽出をしてから、新しい解析も始めようとしたが、うまくソフトが動かせず、、、で終了。

台風が最悪のタイミングで来そうだ。スピードアップしてくれると助かるのだが。

2017年8月3日木曜日

明日で

テストをしてから卒論手伝いで午前終了。

午後は、論文reviseに集中。論文はどうにか完成。あとはreplay。明日で終えてしまいたい。

2017年8月2日水曜日

忘れていた

卒論手伝いウロウロ、レポート読みで午前終了。

忘れていた原稿が戻ってきたので、少し目を通す。なかなか恥ずかしい文章。修正にかなり時間がかかりそう、、、と思いつつ、しばらく放置になるだろう。

レポート読みの続き、DNA抽出の続きと新規抽出の開始、論文reviseで終了。

充実していたような、何も先に進んでいないような、一日だった。

2017年8月1日火曜日

Venezillo parvus

午前、卒論手伝いでウロウロ。午後、学生実習で砂丘へ。

大学に戻って、論文riviseと成績付けの準備をして終了。

合間に取り寄せしていた文献を眺めていると、、、予想外の文献に、小笠原諸島からVenezillo parvusが報告されていた。

本種は汎熱帯性の種で、日本にいてもおかしくはないのだが、図鑑には示されていなかった。

実は、日本でも広範囲に分布していることを確認しており、すでにDNAデータも取得し、あとは初記録として報告する段階だった、、、シノニムを含むので、それを解決する論文にするか。

ちなみに種同定をしたのは、この分野の最強コンビ、Ferrara博士とTaiti博士!

文献はこちら、
八ッ場ダム地域自然調査会 (1993) 長野原町の自然.

2017年7月31日月曜日

頑張るぞ

午前中は、卒論手伝いでウロウロ。なかなか良い結果が出ず。

大学に戻ってメールの返信とか、書類書きをして本読みゼミ。

その後、今年の夏は、実験を頑張るぞ、と急に思い立ちDNA抽出を始めて終了。

論文riviseが放置気味なのが心配、、、。

2017年7月29日土曜日

標本データベース

日本におけるワラジムシ類の標本データベースの更新をひとまず終えた。


当然、見落としているものもいっぱいあるはずだが、311編を確認した。標本の採取地点などに触れていないものあるので、実際に分布データとして使ったのは158編。

これ以外に、博物館所蔵標本のデータベース、自分の標本の一部を加えて合計17412標本分。

ただし、この数は標本数であり、同一地点から複数取られている場合も含まれているので、地点数はかなり少ない。

シノニムなどのチェックも完全にはできていないので、学名の扱い、とくに在来種については、あまり役に立たないかもしれないが、属や科レベルの解析はできるかと。

やっと解析を始められる。

2017年7月28日金曜日

試行錯誤

卒論手伝い。試行錯誤が続く。


大学に戻って、研究室内の配置の検討、DNA抽出の続き、データ入力で終了。目が疲れた。

2017年7月27日木曜日

許可

分布データ入力、統計ゼミで午前中が終了。

明日の卒論手伝いで必要な物品購入をしてから会議に参加。

卒論計画の相談。真面目に調べたら見落としが発覚。方法について検討して、どうにかなりそうなので独り立ち。

その後、新しく始める実験に関連して、様々な許可について色々と調べて終了。誰に許可を取ればいいのかを調べることが大変。

2017年7月25日火曜日

光に集まる

論文の準備で文献整理。これを含めて、あと2本は出来るだけ早く投稿してしまいたい。外来種5部作の第3と4段。第5段はしばらく無理そうだ。

夕方から、昆虫の視覚研究で有名な、弘中満太郎先生のセミナーに参加。

昆虫が光に集まるメカニズムに関する内容で、ここから総説が入手できる。

光に集まる性質は、正の走光性と呼ばれ、多くの昆虫で確認されている。それを引き起こす機構として、これまで以下の3つの仮説が提唱されていた。

コンパス理論:光源に対して一定の定位角度を保って体軸を固定する性質を持つ。月のように遠いければ良い目印になるのだが、間違って電灯を目印にしてしまうと、近づいてしまう。

マッハバンド理論:明暗の境界が最も暗い(明るい)という錯視と、最も暗いところに行く、という性質が合わさり、光源の近くに行ってしまう。

オープンスペース理論:閉鎖された空間から脱出するために、空間内の明るい部分(開放空間の可能性が高い)に移動する性質があり、間違って光源に近づいてしまう。

しかし、弘中先生は、様々な実験から明暗の境界に誘引されることを明らかにした。

では、なぜ、明暗の境界に虫は誘引されるのか。自然条件の観察から、空と植物の境界(輪郭)に移動していることを見出し、さらに、この波長のコントラストに誘引されていることを実験により証明に成功した。

個人的には、マッハバンド理論に似ている気がしたが、マッハバンドは最も暗いところに誘引されるのに対し、弘中先生の理論では、境界そのものに惹かれる点が異なっている。

この研究のすごいのは、この性質を利用することで、害虫駆除などに使える効率の良い捕虫灯の開発が可能になること。

応用的利用の価値のある基礎研究で、とても羨ましいと思った。

2017年7月24日月曜日

サソリモドキ

論文reviseがどうにか終わったので、さっと確認してから英文校閲へ、と思ったが、引用がめちゃくちゃであることが判明。

結局、一日かけて引用の見直しをして、英文校閲へ。今月中に再投稿できるか。

あとは、本読みゼミとかして終了。

とある島のサソリモドキを頂いた。この島の標本は以前にも頂いたことがあるのだが、どう頑張ってもPCRが上手くいかなかった。今回は上手くいくと良いけど。

2017年7月15日土曜日

ヒョウタンゴミムシ

文献整理。ついでに、適当に保存していた画像も少しだけ整理。

先日の福岡で見つけたヒョウタンゴミムシ。

2017年7月14日金曜日

学生が発見

卒論調査×2に同行。

学生が発見1。羽化を待ち構えるセミ。


学生が発見2。結構大きくて、不気味だった。スズメガの蛹かと。


大学に戻って、山積みになっている文献をPDF化して終了。

宇宙兄弟31巻。久しぶりに日々人ネタ。宇宙よりも地球の方が面白い。

2017年7月13日木曜日

ムシヒキアブ科

論文改訂、統計ゼミで午前中が終了。

午後、会議に出てから、卒論×2の手伝いでウロウロ。

大学に戻って、論文改訂で終了。

先日、卒論調査に同行した際に飛び回っていた昆虫。ムシヒキアブ科という、昆虫を襲う仲間のようだ。

2017年7月11日火曜日

ハンミョウ調査の論文

論文の改訂がなかなか進まない、、、で午前中が終了。

午後は砂丘へ。

大学に戻って改訂の続きをして終了。

少し前だけど砂丘で行っているハンミョウ調査の論文が出版された。

鳥取砂丘におけるハンミョウ2種の成虫の季節消長とエリザハンミョウの個体数推定(2016年)
鶴崎ほか (2017) 鳥取県生物学会, 14: 9–16


英語ではTiger beetleとかっこいい名前が付いている。道しるべ、として有名だか、捕食者らしく、なかなか凶暴な顔をしている。

2017年7月9日日曜日

歌うカタツムリ――進化とらせんの物語


歌うカタツムリ――進化とらせんの物語

小笠原諸島のカタツムリの進化の内容かと思って購入したが、カタツムリを題材した進化研究の歴史の本だった。

大まかに、前半は、カタツムリを題材とした進化研究の変遷、後半は、日本におけるカタツムリの進化研究の紹介、となっている。

前半では、適応進化と遺伝的浮動の重要性について、揺れ動いてきた進化研究の歴史、そして、それら研究におけるカタツムリの果たした役割の大きさを知ることができる。

現在の種分化に対する見方として、「この二つの考えを両極とした一続きの帯のようなもの(p156)」と記されているように、どちらが大事ではなく、それぞれの環境で、その相対的な強さが変化するという考えが現在の結論である。

その変化を作り出す要因として、過去の影響を強く受けるのもまた、進化の大きな特徴であり、これを全て取り除いてしまうのが、外来種である。

本書の最後では、多くの進化研究で明らかにされてきた複雑な現象によって作り出されてきた生物種が、たった一種の外来種によって滅ぼされてしまう事実が示されている。

フィッシャー、ライト、ドブジャンスキー、グールド、そして、木村資生というオールスターによって議論が消えてしまうような、虚しさを感じた。歌うカタツムリもすでに絶滅してしまったらしい。

個人的には、カタツムリのことを知りたい人よりは、進化・種分化について知りたい人向けかなと思った。とても面白い一冊。

もくじ
1.歌うカタツムリ
2.選択と偶然
3.大蝸牛論争
4.日暮れて道遠し
5.自然はしばしば複雑である
6.進化の小宇宙
7.貝と麻雀
8.東洋のガラパゴス
9.一枚のコイン

2017年7月7日金曜日

コケ食昆虫

メールソフトがおかしくなってしまい、その修復にかなりの時間を費やしてしまった。

文献探し+読み、学会編集業務でほぼ終了。

夕方から、他研究室の特別セミナーに参加。

面白いと噂のコケ食昆虫の話。どんどん新しいことが発見されていく、噂通りの面白い内容だった。

時期なのか、前日の強風の影響なのか、沖縄の海岸のいくつかで、ウミアメンボの遺体をたくさん見つけた。


こちらもよく見た、アシナガアリの仲間?


このアリが、アメンボの遺体の処理役となっていた。

2017年7月6日木曜日

最大の目的

卒論手伝いでPitfallの回収。雨の影響は、ギリギリ大丈夫だった。

大学に戻って、統計ゼミ、卒論相談、研究室の片付け、夏の調査計画とかを考えて終了。

先日、沖縄の旅、最大の目的がこれ。あとは、オスが採れていることを祈るのみ。

2017年7月5日水曜日

コモリグモ

授業の準備、文献整理をして午前中が終了。

午後、学生実験。久しぶりの担当なので、色々と思い出すのに時間がかかった。

先月、戻ってきた投稿論文のriviseに取り掛かる。

なかなか長文の論文になってしまい、私の英語力では論調を整理するのに苦労していたのだが、思いっきりそれを指摘されている。

沖縄で見つけた、子グモを背負うコモリグモ。種名は不明。

2017年7月4日火曜日

溜まっていく

雨が降ったり、止んだりの一日。

どんどん溜まっていく標本の整理とシーケンス結果の整理に精を出した一日となった。

先日の福岡調査の目的であり、かつ、1個体しか採取できなかった種。

2017年7月3日月曜日

ウシが驚いて

昨日、鳥取に復帰。

卒論調査の手伝い。色々と問題が生じた。

ウシが近づいてきて、私が驚いたのを見て、ウシが驚いていた。


大学に戻って、本読みゼミ。

とても嬉しい連絡が、、、提出書類を書いて終了。

青色オカダンの情報を頂きました。ありがとうございます。

2017年7月1日土曜日

サガリバナ

北部6地点で調査、、、しかし、2地点では1個体も見つけることができなかった。

最後に、狙っている種がたくさん生息している地点を見つけた。

国際通りの近くの街路樹にサガリバナが植えられていた。


本来は、マングローブの後(陸側)に生息する植物だと思うけど、こんな乾燥した環境でも生息できるのか。

夜に花を咲かせることで有名。学生時代、夜中にポリネーター探しに連れて行ってもらったことを思い出した。

夕方、まだ、花が咲ききっていない状態に、蜂が大量に飛び回っていた。これがポリネーター?


2017年6月30日金曜日

リベンジ

昨夜、沖縄へ。

2年前、模式産地で採取したつもりだったが、大学に戻ってきちんと調べたら違う種だった、という大失態のリベンジ。

梅雨明けしたので、天気の心配をしていなかったが、昨夜は強風と雨でホテルに到達するまで大変だった。

本日は朝は雨が降っていたけど、昼に近づくにつれてやんだ、、、のは良かったのが、湿度がかなり高い。

あまりの湿気で、1地点目でもう無理かもと思ったが、昼を過ぎて少し下がったのか、体が慣れたのか分からないが、どうにか5地点で採集。

狙っていた種は無事に採れた。

今回は海岸が目的だが、結構、遊んでいる人がいた。明日はもっと混みそうで心配。


2017年6月26日月曜日

青色Alloniscus

昨日は、下関から鳥取まで日本海側を通ってみた、、、遠い。

福岡で見つけた青色Alloniscus。


角島にも行ってみたが、特別保護区になっており、採取できないことを現地で知った。


本州最西地。


今日、研究室の配属予定の4名が決定。

本読みゼミ、卒論の指導、シーケンス結果の整理、などをして終了。

2017年6月25日日曜日

素敵

昨日は、卒業生の結婚式と披露宴に出席。

とても素敵でした。

写真を貼ろうかと思ったけど、やめといた方が無難かな。

昨晩のうちに下関に移動して、本日は、下関で幻?の種の採取を目指す。

2017年6月23日金曜日

収穫

有給を使って福岡入り。

海岸10箇所でワラジムシ類の採集したが、狙いの種は、、、1個体のみ取れただけ。

これまで、あまり海岸で真剣に採集したことがなかったが、今日の採集で、何となく狙う場所が分かってきた気がする、、、のが、せめてもの収穫。

2017年6月21日水曜日

ハマニガナ

なかなか進まない論文書き。3歩進んで2歩戻って午前中が終了。

午後、砂丘へ。風が強く、砂が舞っていた。大学に戻ってから涙が止まらなくなった。

論文書きを進めていたら、もう少し解析をする必要があることに気づいたので、その勉強を少しして終了。

ハマニガナ。


とうとうメンタリストを全巻観てしまった。

レッドジョンの結末のツマラなさに心配していたが、それ以外は結構面白かった。

2017年6月20日火曜日

敗北感

書類書きしてからの論文書き。どちらも足踏み状態のまま午前中が終了。

午後、砂丘へ。

大学に戻ってから、再び書類書き。

wordファイルを別ソフトを使って編集しているのだが、色々と問題が、、、。

諦めてwordをインストールすることにした。敗北感を感じたところで終了。

2017年6月19日月曜日

ハード

研究室配属の説明をしてから、卒論のプレパラート作製の説明、そして、学会編集業務を少し進めて午前中が終了。

午後は、ほとんど会議。どうにか編集業務×1を終了させた後、締め切り間近の書類を少し書いて終了。

今月は出張だらけで、結構ハードな日程になってしまった。

2017年6月16日金曜日

アカメガシワ

卒論調査手伝いで、一日の大半が潰れた。

大学に戻ってからは提出書類とか、メール書きとかして終了。

アカメガシワの蜜腺に集うシリアゲアリ?の一種。

2017年6月9日金曜日

糞虫

卒論調査の手伝いで、ほぼ一日ウロウロ。大学に戻って少しだけ書類書き。

糞虫は良い図鑑があるので、簡単に種同定できるだろうと思ったが、やはり素人には難しい。

マエカドコエンマコガネかな?

2017年6月8日木曜日

Higher predation risk

朝一で授業。分担分が終わった、、、。

その後、統計ゼミをして午前中が終了。

午後、会議に参加した後、書類書き、文献読み。合間に学生のプレゼンを聞いたりして終了。

別の文献を探していて偶然見つけた論文。Science!

Higher predation risk for insect prey at low latitudes and elevations.
Roslin et al. Science, 356: 742-744.

多様性が緯度に沿って変化することが知られているが、では、多様性の高い低緯度地域では生物間の関係性も強くなるのだろうか?

そんな疑問に答えた研究。生物間の関係性といっても色々あるが、ここでは食う-食われるの関係に着目している。

実験方法は単純で、芋虫の模型を世界中において、そこにアタックした数を調べるというもの。実験は単純だが、南緯30度から北緯74度、標高0mから2100mの世界中31地点で調査している。

結果は明瞭で、低緯度、低標高で捕食率は高く、また、それは節足動物によるものが多かった。この結果から、多様性と生物間相互作用には密接な関係性があると考えらえる。

樹冠性節足動物の多様性に興味があった頃に論文を読んだ、Yves BassetとかVojtech Novotnyも著者に入っている。

2017年6月6日火曜日

ムカシヤンマ

図書館で文献コピー、掲載が決まった報告論文の最終版の提出して午前中が終了。

午後、砂丘へ。

大学に戻って、授業の準備、論文読みをして終了。

先月、生物観察会で教えてもらった、ムカシヤンマの抜け殻。


幼虫は水中ではなく、水が滲み出るような岩場の隙間に生息するそうだ。

2017年6月5日月曜日

モリアオガエル

学生実習で午前は終了。

昼休みを使って、卒論調査の手伝いでピットフォールの回収。


モリアオガエルが目の前に落ちてきてビビった


先日、トラップを設置した調査地が1つ、整地されてしまうハプニングがあったけど、それなりに採集され、無事にテーマにはなりそうだ。

大学に戻って本読みゼミ、提出書類の作成、授業の準備で終了。

2017年6月2日金曜日

カニムシ

卒論調査の手伝いで午前中が終了。

午後、昨日の雷雨が心配なので、昨日セットしたピットフォールの確認。壊れてはいなかった、何個かあふれそうになっていたので修理。

まだ、ほとんど採集できていなかったが、採れて欲しくないものが採れていた、、、。

結構、大きめのカニムシが採れた。


大学に戻って、報告書を書き終えてから、授業の準備で終了。

2017年6月1日木曜日

雷雨中

卒論手伝いで、ほぼ一日終了。

大学に戻って、写真とかGISデータの整理。ちょっとだけ書類書き。

ピットフォールを設置してきたのだが、現在、雷雨中、、、。

キアゲハ。植物が分からない、、、イヌトウキ?

2017年5月31日水曜日

同じこと

卒論の調査地選びで午前中が終了。これで3地点決まったので、明日から調査開始。

報告書書き。ひとまず書き終えたので、論文書きに移行。推敲し直したおかげで、結構進んだ、、、気がする。

ネジキの花、というか蕾。(他の場所だが)先月は全く花が咲く気配は全くなかったのだが。


こちらも先月は花が見られなかったエゴノキ。すでに散り始めていた。


昨年も同じことを思っていたのか。

2017年5月30日火曜日

良いのかな〜

論文書き、、、がイマイチ進まない。日本語で検討する必要がありそうだな〜と思ったところで午前中が終了。

午後、鳥取砂丘へ。

ハマヒルガオが咲いていた。


シロオビハラナガツチバチで良いのかな〜とか、悩んだりとか。


まだ、猛烈の暑さではなく、2時間ちょっといても苦ではなかった。

大学に戻って報告書書きを少し進めて終了。

2017年5月29日月曜日

みつけたよ! だんごむし

学生実習に少し参加した後、論文書きで午前中が終了。

講習会、卒論で使う封入液作製の説明、そして、会議に参加した後、論文書きを進めて終了。

土曜日の学生実習で見つけたヤマボウシ。


図鑑で見て興味を持っていたのだが、実物を見ることができた、、、ドマティア?


調べられているのかな?

以前、月刊誌として販売されていたダンゴムシの絵本(写真本というのが適切か)が、単行本として発売されることになった。


みつけたよ! だんごむし

2017年5月26日金曜日

久しぶり+小型種

標本を整理して午前中が終了。

午後、卒論調査をさせて頂くための相談。ついでに、興味深いことも教えてもらった。


大学に戻って、健康診断を受けてから、分類群がよく分からない標本の解剖。久しぶり+小型種で、上手く解剖ができなかった。


先日、学会発表した内容の投稿論文化を目指し、少し書いたところで終了。

2017年5月25日木曜日

打ち合わせ

授業、卒論の打ち合わせで午前中が終了。打ち合わせはとても勉強になった。

午後、統計ゼミをしてから、デジタルPCRの講習会に参加。

ワラジムシ類の内部構造の観察の練習、難解種の種同定(結論は出ず)で終了。

2017年5月24日水曜日

予想外

今月は大きなイベントがないので色々とやるぞ、と思っていたのだが、予想外に何もできていない。

授業の準備、卒論関連の準備で午前中が終了。

午後、学生実験。唯一の野外日なのだが小雨が、、、どうにか乗り切った。

午前中の続きをして終了。

先日の学会では、初めましての方とも色々とお会いできた。中には、メールでのやりとりをしていた方もいて驚いた。

その一人、ジークさん。写真がとても綺麗で、撮影に関する本も出版されているそうだ。

2017年5月22日月曜日

微妙な場所

大量のメール対応で、ほぼ一日が終わった。会議×2にも参加。

自分で採取することができなかった地点のサソリモドキの標本を頂いた。ありがとうございます!

微妙な場所で、とても気になっていた。