2016年11月30日水曜日

個人用テンプレート

シーケンスの準備をしてシーケンスへ。

幸か不幸かtaqが無くなったので、しばらく実験は中断せざるをえない。たまったオートクレーブとか、実験の片付けをして午前中が終了。

書類書き、結構前に戻ってきたシーケンス結果の整理などをして、本読みゼミと思ったら病欠が多いので中止。

学会編集業務を進めて終了。

何度かはまったことがあるのでメモ。

Microsoft officeで保存する際に、突如出現する保存場所「個人用テンプレート」。


勢い余ってここに保存しまって、フォルダを検索したが見つからない。


この場合、「ライブラリ」⇒「Application Support」⇒「Microsoft」⇒「Office」⇒「ユーザーテンプレート」に保存されている。

2016年11月29日火曜日

情熱大陸

新規サンプルのPCRに苦戦。

ほぼ全てのサンプルごとに条件を変えてどうにか増えた、、、これからサンプルを増やすのでもう少し条件の検討が必要。

MgClの量はこれまで真面目に考えたことがなかったが、かなり影響が大きいことを学んだ。サンプルによってはアニーリング温度を下げるよりも増幅に影響した。

とりあえず、綺麗に増えているのか確認するためにシーケンスへ。

先週の情熱大陸は、宇宙兄弟の作者小山宙哉、、、イメージ通りの人だった。本名だということに驚いた。

2016年11月28日月曜日

思ったところで

授業、PCRセットで午前中が終了。

午後は、本読みゼミの後、講習会に参加。PCRが終了したので泳動、、、不発。

再度、条件を変えてPCR、DNA抽出を開始。

放置中の学会業務を始めないと、と思ったところで終了。

久しぶりにマジマジと競馬を観賞、キタサンがますます強くなっていた。

2016年11月25日金曜日

検討

放置業務、授業の準備、標本整理をして午前終了。

DNA抽出をしてからPCRをセット。シーケンス結果の整理をしてたらPCRが終わったので泳動。

色々と検討の余地がありそうだ。

2016年11月24日木曜日

集中して

学会編集業務、修論論文化用の種同定で午前中終了。

会議に参加して、新しいDNA実験の準備とDNA抽出を開始して終了。

授業の準備を完全に放置しているが、なかなか集中して業務をこなせた。

2016年11月22日火曜日

なぜ蚊は人を襲うのか

今日は頑張った、、、気がする。

学会編集業務、会議で気づいたこと対応、で午前中が終了。

書類提出、修論論文化に向けたワラジムシ類の種同定、新しい実験の準備、で終了。

先日の福岡出張の際に電車で読んだ本。


なぜ蚊は人を襲うのか (岩波科学ライブラリー)


蚊、刺されると痒くなる嫌なヤツであるが、地球上で最も多くヒトを殺す動物という側面もある。

その蚊による感染症の防除を目指す研究者の書籍である。

蚊の基本的な生態、著者の調査の体験談から最先端技術を用いた防除法まで幅広い内容が分かりやすく書かれている。

黄熱病を研究し黄熱病に罹患して亡くなった野口英世。黄熱病は黄熱ウイルスを保因する蚊に刺されることで感染する。つまり、野口英世もまた蚊によって亡くなった一人である。

平家物語の記述から平清盛は蚊によって媒介されるマラリアによって亡くなった可能性が高い。

明治維新の立役者である西郷隆盛は、蚊が媒介する糸状虫によるフィラリア症に感染していたらしい。これにより陰嚢が肥大していたため、西南戦争で自決後、首が無いにもかかわらず、西郷隆盛であると認定できたそうだ。

このように、蚊による感染症は熱帯地方だけの出来事ではなく、日本においても脅威となってきた。ワクチンの誕生により大きな脅威ではなくなったが、日本脳炎もまた、蚊により媒介される感染症である。

蚊の特徴の一つは、いつの間にかヒトの近くに寄ってくるヒト探索能力の高さであるが、二酸化炭素、匂い、熱を使って標的を見つけているそうだ。このセンサーは極めて高性能で、二酸化炭素に関しては、0.01%から4.0%と400倍の濃度幅を0.01%単位で敏感に感知できる。

また、蚊は繁殖時期のメスのみが血液を吸う、つまり、他にも口にすることができるのだが、血液とそれ以外を区別するのにATP(ADPとAMPも)を感知する仕組みを持っていることが分かっている。恐るべき、吸血マシーン。

そして、人類は、こんな最強スペックを持つ厄介な難敵の防除を試みてきた。

感染症を防ぐには、蚊が存在していても刺されなければ良く、蚊帳という古典的防除が感染症の防除に極めて有効であることが分かっている。

しかし、なかなか普及しないのが現実らしい。原因は、蚊帳を漁網に利用したり、金銭に換えてしまうという経済的な問題や、常に蚊に刺されていると痒みを感じなくなるため、蚊帳を張ることが煩わしくなるという生理的現象も関係しているようだ。

そこで、やはり、蚊自体を減らす方法の開発が進められている。

例えば、蚊の幼虫は水中で生育するのだが、その水面をビーズで覆ってしまい酸素不足にするという、斬新なアイデアが開発され、大きな成功を収めたそうだ。似た話で、パナマ運河を建設する際に、蚊を防除するために片っ端から油を巻いたアメリカは建設に成功し、これをしなかったフランスは撤退を余儀なくされた。

また、近年では、蚊はメスのみが吸血する、メスは一生に一回だけ交尾をする、という習性に着目して、遺伝子操作による不妊オスやボルバキア感染オスを訪虫することで、根絶や感染症を保因しない集団への入れ替え法などが試みられ始めている。

個人的には生態学的観点からの防除がとても興味深く感じた。基礎研究と応用研究が絡み合ったとても良い例であり、理想的な研究のあり方だと思った。

蚊について網羅的に書かれているわけでないが、蚊を研究する、意義を知るとても良い本。おすすめです。

もくじ
1.その蚊、危険につき
2.蚊なりのイキカタ
3.標的を発見!
4.蚊が血を吸うわけ
5.病気の運び屋として
6.蚊との戦いか、共存か

2016年11月21日月曜日

スーパーいなば

朝一で授業、ストッパーになっている学会編集業務を進めて午前中が終了。

本読みゼミ、会議に参加、日曜日の会議で気づいたことの対応、サソリモドキ写真撮影会、学会編集業を進めて終了。

鳥取ー福岡を電車で行くには、鳥取から山陽に出る+山陽新幹線、となるのだが、鳥取と山陽は電車の数が決して多くない。

特急は、鳥取-岡山のスーパーいなば、鳥取ー姫路のスーパーはくと、を使うことになる。当然、福岡に向かうには、岡山に出た方が近いので、いなばを使う。

スーパーいなばに乗ると、上郡駅でスイッチバックという、進行方向が逆転するという経験ができる。初めて乗った人は、何が起こっているのか分からずビビる。

基本2両編成。日曜日の最終は3両編成だったが、結構混んでいて座れないのではないかと焦った。

ちなみに、鳥取ー岡山間は2時間弱かかるのだが、車内販売、自販機はないので、お腹が空いたり、喉が乾くと最悪な事態になる。

アマミサソリモドキ。

2016年11月18日金曜日

日帰り福岡の旅

会議準備、授業準備、会議準備、で終わった。

昨日の解析は大きな間違いがあることが判明し、全てやり直し。疲れたがどうにか両方とも完成。


さて、日曜日は日帰り福岡の旅。4時間移動、2時間会議、4時間移動、になる、、、。

2016年11月17日木曜日

あと2日

まずい、、、週末の会議の準備が全く手付かずのままあと2日。

しかし、こちらも切羽詰まった学会編集作業。初校をチェックしたいのだが、なぜかPDFの挙動がおかしい。開いて、閉じて、で午前中が終わった。


さほど容量は大きいわけではないのだが、圧縮したら多少改善された。

会議を挟んで、本気でまずい状況になってきた会議の準備。

ほとんど誤魔化しみたいな解析になってきた。


最悪の事態を避けるために、分りやすい結果がでそうな、オカダンとコシビロのロジスティック分析をしてみる。


もう少し頑張りたいが、明日1日で、文章とプレゼン、かつ、手付かず状態の授業の準備、をしなければいけないことを考えると、、、無理かも。

2016年11月16日水曜日

sed

昨日のコンタミ発覚により、気になっていた、卒論の怪しいデータをBLASTにかけたら全てサソリモドキに完全一致した。

もちろん、当時もBLASTを試したのだが、サソリモドキのデータがアップされていなかったので、良く分からなかった。結構な数ある。

かなりまずい状況に自ら追い込んでしまった、週末の会議用解析。

他人のデータではいまいちやる気が起きないので、外来性ワラジムシ類の解析を行うことにしたのだが、真面目に自分のデータを見ると色々と問題があることに気づく。

標本1個体ずつに固有の番号を付けて整理しているのだが、その時、採集地点は緯度経度ではなく通し番号(Fuku-0001とか)をつけている。


で、採集地点は別ファイルで、採集番号、緯度経度データ、地名などが整理されている。


今回の解析で使いたいのは、500地点の約17000個体。

で、ここで大きな問題。この全て標本に緯度経度データを付けなければならない。置換をすれば良いだが、500地点あるので、500回繰り返すのか、、、。

そんはずはないと、ネット検索。sedというテキスト変換のプログラミングでどうにかなりそうだと分かった。一瞬で終わった。

しかし、不在データの作成にてこづる。これも良い方法があるはずだとほぼ半日ネット検索したが、解決策は見つからず、結局、手入力してしまった。

在・不在データを作成したところで終了。合間に本読みゼミもやった。

あと2日で解析と報告書とプレゼン準備、、、そして、授業の準備が手付かず。

2016年11月15日火曜日

ベッコウヒラタシデムシ

やってしまった、、、今日も。

全く急ぎ業務ではない、オカダンのシーケンス結果整理に手を出してしまった。

COIはこれでひとまず区切りがついた。


明らかにおかしな結果になっているサンプルをBLASTにかけたところ、


ベッコウヒラタシベムシが候補に、、、しかも2サンプル。

2016年11月14日月曜日

ブタナ

朝一で授業。その後は、今週末に迫った会議のための解析をしなければと思いつつ、、、気持ちが盛り上がらず、シーケンス結果の整理に手を出してしまう。

午後は本読みゼミしてから、論文読んだり、シーケンス結果整理に精を出してしまい、結局、解析は全く進まず終了。

鳥取砂丘で見つけた外来種ブタナ。タンポポモドキという名前もあるそうだ。


葉はロゼット状で、これもタンポポに似ている。

2016年11月11日金曜日

人参が好き

オカダン追加実験をしてから、本日締め切り原稿を書き上げて提出。これで午前中が終了。

再度のオカダン追加実験と授業の準備で終了。

オカダンのマイクロサテライト実験はひとまず終わった。あとは結果次第だが、全滅だったら、やり直す予算はないな。

どうにか今週の目標は達成できた。今週は遺伝子のヒトだったが、来週はGISのヒトにならなければ。

サソリモドキは綺麗な穴を掘って隠れている。産卵するかな?寒いから?


オカダン、人参が好き。


最近、急に寒くなったので暖房を入れていたのだが、、、どうも部屋がかなり乾燥したらしく、飼育実験の個体が全滅!!

1個体だけ実験が上手くいった可能性があるが、どうだろうか。

2016年11月10日木曜日

コモリグモの仲間

オカダンのマイクロサテライトを1プレート分解析へ。

さらに追加実験。しかし、薬品が途中でなくなった。計算では足りるはずなのだが、どこかでミスったのか?

原稿の見直し、次々にミスが見つかるので、一旦放置。明日が締切だが。

こちらも完全に放置していた来週の授業の準備。

合間には、全く急ぎではないが、とあるコシビロのシーケンス結果を眺めたりして終了。シーケンス結果はなかなか良好。これは報告ぐらいはできそうだ。

先週の砂丘観察会で見つけたクモ。コモリグモの仲間だと思うけど、、、。

2016年11月9日水曜日

Species Diversity of Animals in Japan

オカダン追加実験と標本整理で午前中終了。

午後、締切間近原稿×1を提出。もう一本も見直しと修正して改訂版が完成。再度の見直しをして提出したい。

あとは、本読みゼミをして、さらに追加実験をして終了。

12月にこんな本が出る。欲しいが高い。でも、必要になるだろうな、、、。


Species Diversity of Animals in Japan (Diversity and Commonality in Animals)

検索してみたら目次がここに書かれていた。

1/3が海産動物か、、、悩む。陸上節足動物が少ない気がするけど、シリーズで出るかな?

Part 1 Introduction.
1 "Land Emergence" and "Elevation Shift" Affect Diversification: A New Perspective Towards Understanding the High Species Diversity of Terrestrial Animals in Japan.
2 An Overview of Recent Marine Biodiversity Research in Japan.

Part 2 Terrestrial Animals.
3 A Review of the Processes of Mammalian Faunal Assembly in Japan: Insights from Molecular Phylogenetics.
4 Biogeographic Pattern of Japanese Birds: A Cluster Analysis of Faunal Similarity and a Review of Phylogenetic Evidence.
5 Historical Biogeography of the Terrestrial Reptiles of Japan: A Comparative Analysis of Geographic Ranges and Molecular Phylogenies.
6 Species Diversity of Japanese Amphibians: Recent Progress and Future Prospects of Systematic Studies.
7 Japanese Freshwater Fishes: Biogeography and Cryptic Diversity.
8 The Species and Genetic Diversities of Insects in Japan, with Special Reference to the Aquatic Insects.
9 Species Diversity and Phylogeny of Freshwater and Terrestrial Gammaridean Amphipods (Crustacea) in Japan.
10 Tardigrade Research in Japan.
11 Current Status of Entomophilic Nematode Survey in Japan.
12 Diversity of Leeches from Japan: Recent Progress in Macrophagous and Blood-Feeding Taxa.

Part 3 Marine Invertebrates.
13 Taxonomic Review of Japanese Sponges (Porifera).
14 Zoantharia (Cnidaria: Anthozoa: Hexacorallia) Diversity Research in Japan: Current State and Future Trends.
15 Diversity and Morphological Adaptation of Dicyemids in Japan.
16 Species Diversity of Japanese Ribbon Worms (Nemertea).
17 Review of the Studies of Japanese Entoprocts (Entoprocta).
18 Some Comments on the Taxonomy of the Peanut Worms (Annelida: Sipuncula) in Japanese Waters Towards a Future Revision.
19 Nereididae (Annelida) in Japan, with Special Reference to Life-History Differentiation Among Estuarine Species.
20 The Echiura of Japan: Diversity, Classification, Phylogeny, and Their Associated Fauna.
21 Diversity of Kinorhyncha in Japan and Phylogenetic Relationships of the Phylum.
22 Copepod Biodiversity in Japan: Recent Advances in Japanese Copepodology.
23 Review of the Taxonomy, Diversity, Ecology, and Other Biological Aspects of Order Tanaidacea from Japan and Surrounding Waters.
24 Diversity of Freshwater and Marine Bryozoans in Japan.
25 Ophiuroidea (Echinodermata): Systematics and Japanese Fauna.
26 Taxonomy of Ascidians (Urochordata: Ascidiacea) in Japan: Past, Present, and Future.
27 A Taxonomic Review of Lancelets (Cephalochordata) in Japanese Waters.

2016年11月8日火曜日

正)Ligidium ryukyuense

オカダンのマイクロサテライトの追加実験続きと標本整理で午前中が終了。

締切間近にもかかわらず現実的放棄していた原稿×2のとりあえず版を作成して終了。見直して今週中に提出しなければ。

原稿書きの際に気づいたのだが、7月に印刷となったBurmoniscus11種問題論文にミスを発見。内容に影響はないが恥ずかしいミス。

Figure 18の学名

誤)Ligidium ryukyuensis
正)Ligidium ryukyuense

2016年11月7日月曜日

ハマニガナ

土曜日は、鳥取砂丘大学の植物と動物の講義と観察会に参加。

砂丘の生物をどのように定義するかによるが(海岸林を入れるかでかなり変わる)、植物、動物ともに130種ぐらいと考えるのが適当のようだ。


ハマニガナ。


本日は、朝一で授業。学会関連業務をして午前中が終了。

本読みゼミをして、オカダンのマイクロサテライト追加実験、溜めている原稿書きで終了。

大学生ラクビー、早稲田は帝京に大敗だった。あとは明治が帝京を止めらるか。

2016年11月4日金曜日

初めてのマイクロサテライト

標本整理。プレパラートに貼り付けている整理番号がずれるという面倒な状況にしてしまい無駄な時間を費やしている、、、。

とある学生が研究室を訪問してくれたのでお話+鳥取砂丘へ。

来週の授業の準備、、、すでに終わった気でいたが、まだ、終わっていないことに気づき焦って準備。

初めてのマイクロサテライトの結果が届いた。最悪ではないが、良くもない、といった感じか。これらからかなり勉強が必要だ。


飼育実験は、すぐに数個体が死んでしまったが、それ以上は順調に育っているのだが、仮説通りに進まない。


先日の中学生向け実験で使ったオカダン。福岡産と鳥取産を混ぜてしまったので、野外に放つことができなくなった。


明日は、鳥取砂丘大学へ。同じ学会の先生のお話を聞く。

2016年11月3日木曜日

中間発表会

卒論の中間発表会。

終了後、昨日のPCR産物をシーケンスへ出して終了。

2016年11月2日水曜日

分かってきた

1プレート分をシーケンスに出した後、さらに1プレート分をPCR、そして、精製。明日、シーケンスに出せるか。

他に標本整理、学会編集業務、本読みゼミ、などをして終了。

中古だけどカメラを買ってしまった。何となく使い方が分かってきた。

2016年11月1日火曜日

やってくる

中学生向け実験。時間ちょうどで終わった。

午後は、PCR産物の精製をしてシーケンスへ。

合間に解剖してあったワラジムシ類の種同定もした。

行事ごとが終わるとほっとするが、すぐに次がやってくる、、、。