2016年4月11日月曜日

DNA情報で生態系を読み解く

良書を出し続けている、生態学フィールド調査法シリーズの新刊。


DNA情報で生態系を読み解く: 環境DNA・大規模群集調査・生態ネットワーク (生態学フィールド調査法シリーズ)

次世代シーケンサーを使用した多様性研究のHow to本。

私は次世代シーケンサーを使った研究をしたことがないので、詳細は分からないが、そんな私でも何となく実験の流れが理解できてしまうほど、分かりやすく書かれている。

実験計画編やサンプリング編は生態学調査の基礎をごく短くまとめてある。

その後、DNA抽出、PCR用のプライマー、そして、次世代シーケンサーの使用法と、この本を読みながらやれば、できてしまうのでは、と思えるほど、完結に要点が書かれている(と思う)。

次世代シーケンサーの生み出すデータは膨大なために、その解析が難しそう、と思ってしまうのだが、シーケンシグデータを扱うLinuxコマンド、群集・ネットワーク解析や描画のためのRコマンドなど、も詳しく描かれている。

群集解析のRコマンドは、veganが使用されており、次世代シーケンスのデータでなくても使える。

やってみたいけど難しそうと、思っていた気持ちを、少し抑えてくれた。この分野の必読の一冊になるのでしょう。

もくじ
1.生態系研究における情報革命
2.生物群集調査ー調査計画編ー
3.生物群集調査ーサンプリング編ー
4.生物群集調査ーDNA抽出編ー
5.生物群集調査ーDNAマーカー選択編ー
6.生物群集調査ーPCRプライマー編ー
7.生物群集調査ーPCR・次世代シーケンシグ編ー
8.せい群集調査ーバイオインフォマティクス編ー
9.生物群集調査ーデータ準備編ー
10.生物群集調査ー統計解析編ー
11.生態ネットワーク調査ー調査計画編ー
12.生態ネットワーク調査ー次世代シーケンシグ編ー
13.生態ネットワーク調査ーネットワーク描画編ー
14.生態ネットワーク調査ーネットワーク構造解析編ー
15.生態ネットワーク調査ー各種の特性編ー

明日から担当授業が始まる。

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