2016年12月29日木曜日

Luacsioidesのアルビノ

今年採集分の標本整理(瓶を分けただけ)が終わった。

長崎でLuacsioidesのアルビノを発見。


あとは年末恒例のPDF自炊をして、掃除をすれば一区切りなのだが、、、。最近は、そもそも紙媒体で論文を取得する機会が減ったので、例年に比べると数が少ないので明日に。

代わりに修論添削を進めるが、少し進めただけで集中力が切れたので早々に終了。

2016年12月28日水曜日

コシビロのアルビノ

今年採集した標本の瓶分けはどうにか今年中に終えてしまいたい、、、ということで、瓶分けを進める。

対馬のサンプルが終わった。

あと、長崎、福岡のサンプルが残っている。終わるか。

対馬サンプルをソーティングしていて見つけた、コシビロのアルビノ。


対馬ではオカダンのアルビノも確認しているし、アルビノが多いのかな?

他に、修論の添削とオカダンの頭測定もして終了。

プリンターのトナーがおかしい。再生トナーはダメか。

2016年12月27日火曜日

腹部のみ色抜け

福岡行きは、往路も復路も雨だった。約7時間の旅。

福岡から持ってきた標本の整理で午前中が終了。午後は会議の後、修論の添削とオカダン頭部測定で終了。

オカダンの腹部のみ色抜け個体。体色変異は色々なバージョンがある。

2016年12月25日日曜日

2日連続

集中講義もあと1日。

3日間で体重が1kg減。

授業終了後、2日連続で行ってしまった

2016年12月23日金曜日

集中講義アレルギー

初日終了。受講生が多くて焦った。

夏の時のように授業中に不調になることはなかったが、ホテルに戻ったら急に体調が悪くなった。

集中講義アレルギーだな。

合間に卒論の話を少し。

2016年12月22日木曜日

北九州

シーケンスに出して、書類を提出してたら昼になってしまった。

昼過ぎに福岡に向けて出発。

中国道の積雪を心配して山陽道経由で行こうかとも思ったが、昨日からの暖かさで大丈夫だろうと判断して中国道で。

雪は大丈夫だったが、広島辺りは運転するのが怖いぐらいの大雨だった。

約7時間かけて福岡へ。昨夜、ホテルの予約をしていないことに気づき、急いで探したが宗像市内のホテルの予約が取れず。北九州に宿泊すること、、、。

2016年12月21日水曜日

時間配分

ほぼ一日中、授業の準備。

合間にSEMの使い方講習会と本読みゼミ。あと無理やりPCRと泳動も。

新しいプライマーを試したところ、どうにか増えるが、かなり薄い。何が問題なのか、、、。

授業の準備は、とりあえず版、が終了。まだ、時間配分が無茶苦茶。30分で終わる回と3時間ぐらいかかる回がある。

うっすらとでもバンドが見えたのは今年最後のシーケンスへ出すために精製をして終了。

明日の午後、福岡へ。

2016年12月20日火曜日

手抜き

ぐったり。疲れた。

朝一でPCRと昼にその泳動をした以外、ずっと週末の集中講義の準備。

これまで一度も担当したことのない科目なので、ゼロからの準備。予想以上に時間がかかる。

スライド作成が面倒で、黒板書き込みスタイルにすれば良かったと後悔。11コマまで終了。あと4コマ。

福岡入りしてからは準備をしたくないが、、、無理か。明日は実験もしたいのだが。

PCRは全て不発。これだけミスが続くと、薬品に問題があるのかも。普段からポジコンを試さない手抜きが、、、。

23〜26日という学生にとっては最悪な日程の集中講義だが、受講生はいるのだろうか(登録はされているけど)。福岡まで行って、受講生がいなかったらどうなるだろ。

2016年12月19日月曜日

3.5コマ

朝一で授業。これで今年の分は終わり。

PCRをセット。今週末から始まる集中講義の準備を進めて終了。

会議、本読みゼミ、書類提出をしてから、PCR産物の電気泳動。全て増えず。落胆しつつ集中講義の準備で終了。

3.5コマ分終了。

2016年12月17日土曜日

鳥取県生物学会

実験をするつもりで大学に来たが、自らの大きなミスで実験ができず。

実験できなくなったので、来週末の集中講義の準備。2.5コマ分終了。

明日は、鳥取県生物学会にてお話。場所は鳥取県立博物館

2016年12月15日木曜日

鼠婦

昨夜は、研究室の忘年会。新歓も兼ねているのだが、新歓だと、今年は、誰が誰の新を歓迎するのか難しいので忘年会にした。

日曜日のお話の準備で一日が終わった。合間に1時間程度の会議。

微調整は必要だけど、まあ〜終わったか。

日本で最初のワラジムシ類の記述の可能性が高い千蟲譜にも触れるのだが、記述を眺めていると「鼠婦」という言葉が目につく。

読み方すら分からなかったがgoogle先生に頼ったところ「そふ」と読むらしく、漢方薬でワラジムシ類を乾燥させて作るそうだ。

きっと皆、健康になったのだろう

明日は、(締切日だけど)ほぼ手付かず書類×2と授業の準備、を片付ける(なければ)。

2016年12月13日火曜日

どっと疲れた

昨日かけて帰ったPCRを早速、泳動を試すが不発。

実験が終わった頃、どうにか増えてシーケンスに出した結果が戻ってきたが、かなり汚く、半分ぐらいは使えない。

どっと疲れた。とりあえず読めた結果から、新しいプライマー作成することに。ということで、この実験はしらばく放置。

実験に諦めがついたところで、週末のお話の準備。すでにスライドが100枚を超えている。削除は最後にするとして、とりあえず、どんどん作ってしまおう。


今週締め切り書類×2、来週の授業、来週末の集中講義の準備、さて、間に合うのか。

2016年12月12日月曜日

明日で

昨日で、来週末に控えているお話の準備を終えるつもりだったが、思った以上に捗らず。今週は、この準備に時間が取られそう。

朝一で授業をしてから、PCRをセットして午前中が終了。

午後は、本読みゼミをしてから、PCR産物を泳動にかける。増えたのは半分以下。このサンプルは本当に難しい。

ちょうど新しい核用のプライマーが届いたので、こちらのPCRをセット。修論の手伝いをしてたらPCRが終わったので泳動へ。ほぼ全て増えた。あとは変異があるか、、、。早くシーケンスに出したい。

昼間にうまくいかなったPCR分を条件を変えてセットしたところで終了。

結局、お話の準備は全くできず。明日で片付けたいが。

2016年12月9日金曜日

雪おこし

授業の準備。きっと、ギリギリまで後回しにするだろうと思っていた自然調査報告の面倒なところが終わった。自分で自分に驚いた。


シーケンスの準備をしてから新しいDNA抽出に挑戦。

先月解析したシーケンス結果を整理して終了。西日本のコシビロは先が見えてきた気がする。


月末の福岡も来月の北海道もキツキツ日程になることが判明してしまった。

一昨日から雷がすごい。

こんな季節に鳴るなんて何かおかしいのでは、と思ったら、日本海側の秋〜冬に寒冷前線が通ることで起こるそうだ。冬の始まりの合図で、雪おろし、とか、雪おこし、と言うのだとか。

2016年12月8日木曜日

ラス・パルマス・デ・グラン・カナリア

DNA実験で終わった。

DNA抽出の続きをしてPCR。その間に新たな標本のDNA抽出の準備。

PCRが終わったので精製。1プレート分シーケンスへ。

QGISの不調は改善された。最新?の2.18をインストールしたのだが、微妙に変更になっており、学生向けマニュアルは修正が必要に、、、。


Las Palmas de G.C.とは、スペイン、カナリア諸島の都市ラス・パルマス・デ・グラン・カナリアのことらしい。

2016年12月7日水曜日

願って

会議で午前中が終了。

午後は、試行錯誤が続くPCRをセットしてから自然調査報告書の改定作業。

なぜか、QGISの挙動がおかしくなってしまったので削除して再インストール。すぐに落ちてしまう。

そうこうしているうちに、PCR終了。3サンプルはどうしても増えないが、ひとまず、これでシーケンスへ出してしまおう。

本読みゼミをしてからPCR産物の精製、修論のデータを少しだけ整理し、明日、PCを起動したらQGISが普通に稼働することを願って終了。

ワラジムシ類の研究では良く行われる頭幅の測定。

2016年12月6日火曜日

オレンジ色

修論論文化種同定とDNA抽出、そして、薬品が届いたので苦戦続きのPCRを再開。

少し改善されたが、それでも半分の標本が頑なに増えない。

沖縄で普通に見られる、体の一部がオレンジ色になる多型。福岡でも結構頻繁に見られるようだ。Lucasioidesの尾部。


他には学会編集業務を少しやったか。

2016年12月5日月曜日

不安

授業とDNA抽出の準備で午前中が終了。

本読みゼミ、会議をしてからDNA抽出。

模式産地で採取した貴重な標本。久しぶりに小さい個体の解剖をして緊張した。

結構、種同定ミスもあった。

本当にArmadilloniscusなのかな?


今年中にやってしまいたい実験が結構残っているのだが、18日に90分の話、23ー26日に集中講義(90分×15)、1月12日に120分+75分のお話、がある。この準備がほとんど手付かずなのがかなり不安、、、。

いつものことながら、直前に焦りながら準備をすることになるのだろうか。

昨日は、12月第1日曜日ということで早明戦を呑気に観賞。序盤は早稲田ぼろ負けするかと思ったけど、終盤に向かうほど面白い試合になった。しかし、大学選手権でも帝京に勝つには難しいかな。打倒帝京は、東海大に期待か。

優勝が決まって帝京が手を抜くのか、筑波は帝京戦になると良い試合をするな。

2016年12月2日金曜日

授業の準備が終わったら、ちょうど、苦戦PCRのシーケンス結果が届いた。

ミトコンは汚い。ただ、何となく良い条件が分かった気がする。早くtaqが欲しい、、、。

一発で増えた核、、、全く変異がない。核は違う領域を検討しないとダメだ。ということで、プライマーを発注して午前中が終了。

新たにDNA解析を始めるついでに、早急に手を出す必要はない疑問種や貴重種のDNA抽出をしてしまおう!と思い立ったのが、、、間違いだった。

昔の標本リストをみると「?」ばかりで、何が何だか分からず、結局、一個体ずつ確認をする羽目に。当時は本当に「?」だったのだが。

DNAデータが欲しい標本を準備をしたところで終了。

2016年12月1日木曜日

Lucasioides gigliotosi

修論標本の種同定で午前中が終了。

書類書き、学会編集業務。ワラジ型の種分類の勉強をして終了。

Lucasioides gigliotosiと思われるが、近縁種との識別に頭部の凸構造がより発達している(していない)が使われており、よく分からない、、、。


分子データを踏まえると、この形質は成長に依存した変異がありそうで、観察にはかなり注意が必要。

2016年11月30日水曜日

個人用テンプレート

シーケンスの準備をしてシーケンスへ。

幸か不幸かtaqが無くなったので、しばらく実験は中断せざるをえない。たまったオートクレーブとか、実験の片付けをして午前中が終了。

書類書き、結構前に戻ってきたシーケンス結果の整理などをして、本読みゼミと思ったら病欠が多いので中止。

学会編集業務を進めて終了。

何度かはまったことがあるのでメモ。

Microsoft officeで保存する際に、突如出現する保存場所「個人用テンプレート」。


勢い余ってここに保存しまって、フォルダを検索したが見つからない。


この場合、「ライブラリ」⇒「Application Support」⇒「Microsoft」⇒「Office」⇒「ユーザーテンプレート」に保存されている。

2016年11月29日火曜日

情熱大陸

新規サンプルのPCRに苦戦。

ほぼ全てのサンプルごとに条件を変えてどうにか増えた、、、これからサンプルを増やすのでもう少し条件の検討が必要。

MgClの量はこれまで真面目に考えたことがなかったが、かなり影響が大きいことを学んだ。サンプルによってはアニーリング温度を下げるよりも増幅に影響した。

とりあえず、綺麗に増えているのか確認するためにシーケンスへ。

先週の情熱大陸は、宇宙兄弟の作者小山宙哉、、、イメージ通りの人だった。本名だということに驚いた。

2016年11月28日月曜日

思ったところで

授業、PCRセットで午前中が終了。

午後は、本読みゼミの後、講習会に参加。PCRが終了したので泳動、、、不発。

再度、条件を変えてPCR、DNA抽出を開始。

放置中の学会業務を始めないと、と思ったところで終了。

久しぶりにマジマジと競馬を観賞、キタサンがますます強くなっていた。

2016年11月25日金曜日

検討

放置業務、授業の準備、標本整理をして午前終了。

DNA抽出をしてからPCRをセット。シーケンス結果の整理をしてたらPCRが終わったので泳動。

色々と検討の余地がありそうだ。

2016年11月24日木曜日

集中して

学会編集業務、修論論文化用の種同定で午前中終了。

会議に参加して、新しいDNA実験の準備とDNA抽出を開始して終了。

授業の準備を完全に放置しているが、なかなか集中して業務をこなせた。

2016年11月22日火曜日

なぜ蚊は人を襲うのか

今日は頑張った、、、気がする。

学会編集業務、会議で気づいたこと対応、で午前中が終了。

書類提出、修論論文化に向けたワラジムシ類の種同定、新しい実験の準備、で終了。

先日の福岡出張の際に電車で読んだ本。


なぜ蚊は人を襲うのか (岩波科学ライブラリー)


蚊、刺されると痒くなる嫌なヤツであるが、地球上で最も多くヒトを殺す動物という側面もある。

その蚊による感染症の防除を目指す研究者の書籍である。

蚊の基本的な生態、著者の調査の体験談から最先端技術を用いた防除法まで幅広い内容が分かりやすく書かれている。

黄熱病を研究し黄熱病に罹患して亡くなった野口英世。黄熱病は黄熱ウイルスを保因する蚊に刺されることで感染する。つまり、野口英世もまた蚊によって亡くなった一人である。

平家物語の記述から平清盛は蚊によって媒介されるマラリアによって亡くなった可能性が高い。

明治維新の立役者である西郷隆盛は、蚊が媒介する糸状虫によるフィラリア症に感染していたらしい。これにより陰嚢が肥大していたため、西南戦争で自決後、首が無いにもかかわらず、西郷隆盛であると認定できたそうだ。

このように、蚊による感染症は熱帯地方だけの出来事ではなく、日本においても脅威となってきた。ワクチンの誕生により大きな脅威ではなくなったが、日本脳炎もまた、蚊により媒介される感染症である。

蚊の特徴の一つは、いつの間にかヒトの近くに寄ってくるヒト探索能力の高さであるが、二酸化炭素、匂い、熱を使って標的を見つけているそうだ。このセンサーは極めて高性能で、二酸化炭素に関しては、0.01%から4.0%と400倍の濃度幅を0.01%単位で敏感に感知できる。

また、蚊は繁殖時期のメスのみが血液を吸う、つまり、他にも口にすることができるのだが、血液とそれ以外を区別するのにATP(ADPとAMPも)を感知する仕組みを持っていることが分かっている。恐るべき、吸血マシーン。

そして、人類は、こんな最強スペックを持つ厄介な難敵の防除を試みてきた。

感染症を防ぐには、蚊が存在していても刺されなければ良く、蚊帳という古典的防除が感染症の防除に極めて有効であることが分かっている。

しかし、なかなか普及しないのが現実らしい。原因は、蚊帳を漁網に利用したり、金銭に換えてしまうという経済的な問題や、常に蚊に刺されていると痒みを感じなくなるため、蚊帳を張ることが煩わしくなるという生理的現象も関係しているようだ。

そこで、やはり、蚊自体を減らす方法の開発が進められている。

例えば、蚊の幼虫は水中で生育するのだが、その水面をビーズで覆ってしまい酸素不足にするという、斬新なアイデアが開発され、大きな成功を収めたそうだ。似た話で、パナマ運河を建設する際に、蚊を防除するために片っ端から油を巻いたアメリカは建設に成功し、これをしなかったフランスは撤退を余儀なくされた。

また、近年では、蚊はメスのみが吸血する、メスは一生に一回だけ交尾をする、という習性に着目して、遺伝子操作による不妊オスやボルバキア感染オスを訪虫することで、根絶や感染症を保因しない集団への入れ替え法などが試みられ始めている。

個人的には生態学的観点からの防除がとても興味深く感じた。基礎研究と応用研究が絡み合ったとても良い例であり、理想的な研究のあり方だと思った。

蚊について網羅的に書かれているわけでないが、蚊を研究する、意義を知るとても良い本。おすすめです。

もくじ
1.その蚊、危険につき
2.蚊なりのイキカタ
3.標的を発見!
4.蚊が血を吸うわけ
5.病気の運び屋として
6.蚊との戦いか、共存か

2016年11月21日月曜日

スーパーいなば

朝一で授業、ストッパーになっている学会編集業務を進めて午前中が終了。

本読みゼミ、会議に参加、日曜日の会議で気づいたことの対応、サソリモドキ写真撮影会、学会編集業を進めて終了。

鳥取ー福岡を電車で行くには、鳥取から山陽に出る+山陽新幹線、となるのだが、鳥取と山陽は電車の数が決して多くない。

特急は、鳥取-岡山のスーパーいなば、鳥取ー姫路のスーパーはくと、を使うことになる。当然、福岡に向かうには、岡山に出た方が近いので、いなばを使う。

スーパーいなばに乗ると、上郡駅でスイッチバックという、進行方向が逆転するという経験ができる。初めて乗った人は、何が起こっているのか分からずビビる。

基本2両編成。日曜日の最終は3両編成だったが、結構混んでいて座れないのではないかと焦った。

ちなみに、鳥取ー岡山間は2時間弱かかるのだが、車内販売、自販機はないので、お腹が空いたり、喉が乾くと最悪な事態になる。

アマミサソリモドキ。

2016年11月18日金曜日

日帰り福岡の旅

会議準備、授業準備、会議準備、で終わった。

昨日の解析は大きな間違いがあることが判明し、全てやり直し。疲れたがどうにか両方とも完成。


さて、日曜日は日帰り福岡の旅。4時間移動、2時間会議、4時間移動、になる、、、。

2016年11月17日木曜日

あと2日

まずい、、、週末の会議の準備が全く手付かずのままあと2日。

しかし、こちらも切羽詰まった学会編集作業。初校をチェックしたいのだが、なぜかPDFの挙動がおかしい。開いて、閉じて、で午前中が終わった。


さほど容量は大きいわけではないのだが、圧縮したら多少改善された。

会議を挟んで、本気でまずい状況になってきた会議の準備。

ほとんど誤魔化しみたいな解析になってきた。


最悪の事態を避けるために、分りやすい結果がでそうな、オカダンとコシビロのロジスティック分析をしてみる。


もう少し頑張りたいが、明日1日で、文章とプレゼン、かつ、手付かず状態の授業の準備、をしなければいけないことを考えると、、、無理かも。

2016年11月16日水曜日

sed

昨日のコンタミ発覚により、気になっていた、卒論の怪しいデータをBLASTにかけたら全てサソリモドキに完全一致した。

もちろん、当時もBLASTを試したのだが、サソリモドキのデータがアップされていなかったので、良く分からなかった。結構な数ある。

かなりまずい状況に自ら追い込んでしまった、週末の会議用解析。

他人のデータではいまいちやる気が起きないので、外来性ワラジムシ類の解析を行うことにしたのだが、真面目に自分のデータを見ると色々と問題があることに気づく。

標本1個体ずつに固有の番号を付けて整理しているのだが、その時、採集地点は緯度経度ではなく通し番号(Fuku-0001とか)をつけている。


で、採集地点は別ファイルで、採集番号、緯度経度データ、地名などが整理されている。


今回の解析で使いたいのは、500地点の約17000個体。

で、ここで大きな問題。この全て標本に緯度経度データを付けなければならない。置換をすれば良いだが、500地点あるので、500回繰り返すのか、、、。

そんはずはないと、ネット検索。sedというテキスト変換のプログラミングでどうにかなりそうだと分かった。一瞬で終わった。

しかし、不在データの作成にてこづる。これも良い方法があるはずだとほぼ半日ネット検索したが、解決策は見つからず、結局、手入力してしまった。

在・不在データを作成したところで終了。合間に本読みゼミもやった。

あと2日で解析と報告書とプレゼン準備、、、そして、授業の準備が手付かず。

2016年11月15日火曜日

ベッコウヒラタシデムシ

やってしまった、、、今日も。

全く急ぎ業務ではない、オカダンのシーケンス結果整理に手を出してしまった。

COIはこれでひとまず区切りがついた。


明らかにおかしな結果になっているサンプルをBLASTにかけたところ、


ベッコウヒラタシベムシが候補に、、、しかも2サンプル。

2016年11月14日月曜日

ブタナ

朝一で授業。その後は、今週末に迫った会議のための解析をしなければと思いつつ、、、気持ちが盛り上がらず、シーケンス結果の整理に手を出してしまう。

午後は本読みゼミしてから、論文読んだり、シーケンス結果整理に精を出してしまい、結局、解析は全く進まず終了。

鳥取砂丘で見つけた外来種ブタナ。タンポポモドキという名前もあるそうだ。


葉はロゼット状で、これもタンポポに似ている。

2016年11月11日金曜日

人参が好き

オカダン追加実験をしてから、本日締め切り原稿を書き上げて提出。これで午前中が終了。

再度のオカダン追加実験と授業の準備で終了。

オカダンのマイクロサテライト実験はひとまず終わった。あとは結果次第だが、全滅だったら、やり直す予算はないな。

どうにか今週の目標は達成できた。今週は遺伝子のヒトだったが、来週はGISのヒトにならなければ。

サソリモドキは綺麗な穴を掘って隠れている。産卵するかな?寒いから?


オカダン、人参が好き。


最近、急に寒くなったので暖房を入れていたのだが、、、どうも部屋がかなり乾燥したらしく、飼育実験の個体が全滅!!

1個体だけ実験が上手くいった可能性があるが、どうだろうか。

2016年11月10日木曜日

コモリグモの仲間

オカダンのマイクロサテライトを1プレート分解析へ。

さらに追加実験。しかし、薬品が途中でなくなった。計算では足りるはずなのだが、どこかでミスったのか?

原稿の見直し、次々にミスが見つかるので、一旦放置。明日が締切だが。

こちらも完全に放置していた来週の授業の準備。

合間には、全く急ぎではないが、とあるコシビロのシーケンス結果を眺めたりして終了。シーケンス結果はなかなか良好。これは報告ぐらいはできそうだ。

先週の砂丘観察会で見つけたクモ。コモリグモの仲間だと思うけど、、、。

2016年11月9日水曜日

Species Diversity of Animals in Japan

オカダン追加実験と標本整理で午前中終了。

午後、締切間近原稿×1を提出。もう一本も見直しと修正して改訂版が完成。再度の見直しをして提出したい。

あとは、本読みゼミをして、さらに追加実験をして終了。

12月にこんな本が出る。欲しいが高い。でも、必要になるだろうな、、、。


Species Diversity of Animals in Japan (Diversity and Commonality in Animals)

検索してみたら目次がここに書かれていた。

1/3が海産動物か、、、悩む。陸上節足動物が少ない気がするけど、シリーズで出るかな?

Part 1 Introduction.
1 "Land Emergence" and "Elevation Shift" Affect Diversification: A New Perspective Towards Understanding the High Species Diversity of Terrestrial Animals in Japan.
2 An Overview of Recent Marine Biodiversity Research in Japan.

Part 2 Terrestrial Animals.
3 A Review of the Processes of Mammalian Faunal Assembly in Japan: Insights from Molecular Phylogenetics.
4 Biogeographic Pattern of Japanese Birds: A Cluster Analysis of Faunal Similarity and a Review of Phylogenetic Evidence.
5 Historical Biogeography of the Terrestrial Reptiles of Japan: A Comparative Analysis of Geographic Ranges and Molecular Phylogenies.
6 Species Diversity of Japanese Amphibians: Recent Progress and Future Prospects of Systematic Studies.
7 Japanese Freshwater Fishes: Biogeography and Cryptic Diversity.
8 The Species and Genetic Diversities of Insects in Japan, with Special Reference to the Aquatic Insects.
9 Species Diversity and Phylogeny of Freshwater and Terrestrial Gammaridean Amphipods (Crustacea) in Japan.
10 Tardigrade Research in Japan.
11 Current Status of Entomophilic Nematode Survey in Japan.
12 Diversity of Leeches from Japan: Recent Progress in Macrophagous and Blood-Feeding Taxa.

Part 3 Marine Invertebrates.
13 Taxonomic Review of Japanese Sponges (Porifera).
14 Zoantharia (Cnidaria: Anthozoa: Hexacorallia) Diversity Research in Japan: Current State and Future Trends.
15 Diversity and Morphological Adaptation of Dicyemids in Japan.
16 Species Diversity of Japanese Ribbon Worms (Nemertea).
17 Review of the Studies of Japanese Entoprocts (Entoprocta).
18 Some Comments on the Taxonomy of the Peanut Worms (Annelida: Sipuncula) in Japanese Waters Towards a Future Revision.
19 Nereididae (Annelida) in Japan, with Special Reference to Life-History Differentiation Among Estuarine Species.
20 The Echiura of Japan: Diversity, Classification, Phylogeny, and Their Associated Fauna.
21 Diversity of Kinorhyncha in Japan and Phylogenetic Relationships of the Phylum.
22 Copepod Biodiversity in Japan: Recent Advances in Japanese Copepodology.
23 Review of the Taxonomy, Diversity, Ecology, and Other Biological Aspects of Order Tanaidacea from Japan and Surrounding Waters.
24 Diversity of Freshwater and Marine Bryozoans in Japan.
25 Ophiuroidea (Echinodermata): Systematics and Japanese Fauna.
26 Taxonomy of Ascidians (Urochordata: Ascidiacea) in Japan: Past, Present, and Future.
27 A Taxonomic Review of Lancelets (Cephalochordata) in Japanese Waters.

2016年11月8日火曜日

正)Ligidium ryukyuense

オカダンのマイクロサテライトの追加実験続きと標本整理で午前中が終了。

締切間近にもかかわらず現実的放棄していた原稿×2のとりあえず版を作成して終了。見直して今週中に提出しなければ。

原稿書きの際に気づいたのだが、7月に印刷となったBurmoniscus11種問題論文にミスを発見。内容に影響はないが恥ずかしいミス。

Figure 18の学名

誤)Ligidium ryukyuensis
正)Ligidium ryukyuense

2016年11月7日月曜日

ハマニガナ

土曜日は、鳥取砂丘大学の植物と動物の講義と観察会に参加。

砂丘の生物をどのように定義するかによるが(海岸林を入れるかでかなり変わる)、植物、動物ともに130種ぐらいと考えるのが適当のようだ。


ハマニガナ。


本日は、朝一で授業。学会関連業務をして午前中が終了。

本読みゼミをして、オカダンのマイクロサテライト追加実験、溜めている原稿書きで終了。

大学生ラクビー、早稲田は帝京に大敗だった。あとは明治が帝京を止めらるか。

2016年11月4日金曜日

初めてのマイクロサテライト

標本整理。プレパラートに貼り付けている整理番号がずれるという面倒な状況にしてしまい無駄な時間を費やしている、、、。

とある学生が研究室を訪問してくれたのでお話+鳥取砂丘へ。

来週の授業の準備、、、すでに終わった気でいたが、まだ、終わっていないことに気づき焦って準備。

初めてのマイクロサテライトの結果が届いた。最悪ではないが、良くもない、といった感じか。これらからかなり勉強が必要だ。


飼育実験は、すぐに数個体が死んでしまったが、それ以上は順調に育っているのだが、仮説通りに進まない。


先日の中学生向け実験で使ったオカダン。福岡産と鳥取産を混ぜてしまったので、野外に放つことができなくなった。


明日は、鳥取砂丘大学へ。同じ学会の先生のお話を聞く。

2016年11月3日木曜日

中間発表会

卒論の中間発表会。

終了後、昨日のPCR産物をシーケンスへ出して終了。

2016年11月2日水曜日

分かってきた

1プレート分をシーケンスに出した後、さらに1プレート分をPCR、そして、精製。明日、シーケンスに出せるか。

他に標本整理、学会編集業務、本読みゼミ、などをして終了。

中古だけどカメラを買ってしまった。何となく使い方が分かってきた。

2016年11月1日火曜日

やってくる

中学生向け実験。時間ちょうどで終わった。

午後は、PCR産物の精製をしてシーケンスへ。

合間に解剖してあったワラジムシ類の種同定もした。

行事ごとが終わるとほっとするが、すぐに次がやってくる、、、。

2016年10月31日月曜日

スプラウト

朝一で授業をしてから、明日の中学生向け実験の準備。

学生に手伝ってもらって無事に準備終了。


午後は、本読みゼミをして、PCR、来週の授業の準備をして終了。

授業の準備が一週間前にほぼ終わるという奇跡!

ダンゴムシの餌用に入れていた人参からスプラウト、、、この場合はスプラウトとは言わないのか?

2016年10月30日日曜日

#0

昨日のPCRは散々だった。ひとまずすぐに決着がつきそうなサンプルに手を出すことにした。

ということで、早速PCRをして泳動。こちらもイマイチな結果だが、最低限のデータはとれそう。

標本整理と研究室の片付けをしてから、今週は色々と時間が取られそうなので、来週の授業準備を進めておく。

とうとう、宇宙兄弟#0を観た。

宇宙兄弟っぽく、大きな展開もなく話は淡々と進み、大体予想通りの内容だった。

漫画ファンのための映画という感じで、漫画を読んだことのない人は楽しめないだろう。

とはいえ、宇宙兄弟ならでは、言葉選びの妙、はあって、この映画のメインテーマである「勇気」を豆腐屋と絡めているのは、らしくてよかった。

このポーズの意味も分かるのだが、ちょっとニヤけてしまうだろう。

漫画の1巻に繋がる話だけど、漫画を先に読んでから観た方が良い。あと、挿入歌がとてもかっこ良い、、、歌っているのは奥田民生とクロマニョンズ(一応、さだまさしも)。

2016年10月28日金曜日

ショック

PCR産物を精製して、次の実験にと思ったら、、、エタノールと水の置く場所がいつもと逆であることに気づいた。

もしや、と思い、精製物を泳動してみるが、全く増えていない。どうやら水の代わりにエタノールを入れてPCRをやったらしい。ショック。

昨日、焦って実験したのが原因か。

ショックを引きずりながらオカダンDNA抽出の続きをしてから、慎重にPCRして泳動。とある地点の個体(10)が全く増えない。かなり悪い状態で保管されていた標本は綺麗にシングルバンドが確認できているのに。

ビューアブルー+携帯でも結構バンドが見えるな。蒸留水に入れたままで撮影し、コントラストを強くしている。


授業の準備は終わったが、火曜日の中学生向け実験については、全く準備をしていない。これは土日で。

2016年10月27日木曜日

Armadilloniscus notojimensis

授業の準備に結構はまってしまった。午前中は標本整理をしてから授業の準備。

午後、会議に出席後、PCR開始して、授業の準備をして終了。

対馬で見つかったArmadilloniscus notojimensis。以前にも登場している。


種小名から想像できるが、能登半島で見つかった標本に基づき記載された種。記載時には、Koshinisucusという新属も設立された。後に,Kwon(1995)により属の変更が行われたのだが、その際、本種はA. hawaiianusのシノニムであることが指摘されている。

しかし、それ以降の日本の図鑑では属の変更は行われているが、学名についてはKwonの考えを棄却している。この件は以下の文献で指摘している。

唐沢・川野 (2014)
島根県の陸生等脚類. ホシザキグリーン財団研究報告, 17: 19–54.

これも疑問種ということで。

2016年10月26日水曜日

問題山積み

DNA抽出、授業の準備で午前中が終了。

会議、講習会に参加して、本読みゼミ。

その後、少し授業の準備を進めて終了。

種小名russoiを飼育。属名やシノニムなど問題山積みの種。1年以内に決着をつけたいが、、、。

2016年10月25日火曜日

とうとう

標本整理で午前中が終了。

会議に参加して、オカダン実験。初めてのマイクロサテライト。さて、うまくいくか。

授業の準備をして終了。

とうとうあのヒトから採用試験合格の連絡がきた、、、良かった×3ぐらいか。

先日の福岡の思い出。二見ヶ浦。

2016年10月24日月曜日

飼育実験

朝一で授業。突然、プロジェクターが止まりあたふた。

書類書きをして午前中が終了。

午後、本読みゼミ。

その後、先日の九州遠征で採集した標本で飼育実験を行うための準備。うまくいってくれると良いけど。



シーケンスの結果を整理して終了。成績はまあまあなのだが、ある地点のオカダン10個体が全滅だった。DNA抽出をミスったのか?

2016年10月21日金曜日

揺れが

昨日は、糸島の2地点で採集をしてから鳥取へ。途中、2度の眠気に襲われてしまい、SAで休息を取りながら帰って夜到着。

本日は、月曜日の授業の準備、書類き、不在中に送って頂いた標本の整理などをして終了。

午前中、なかなかの大きさの地震があった。結構、揺れたな〜と思っていたら、午後、それ以上の揺れが。

鳥取市は5強だったようだが、大学周辺は目に見える被害はない。

震源地は鳥取県の中央部で、その周辺は建物の倒壊とか、道路に亀裂が入っているようだ。

一昨日、熊本で地震の被害を見ていたので、もしかして、と思った。

これは無傷の加藤清正。熊本城は想像以上の被害を受けていて驚いた。

2016年10月20日木曜日

イマイチ

幸先良く、狙いの種が採れたが、


海岸性の種はイマイチだった。


今回は、きちんと調査する時間がなかった。いつかきちんと調査をしたい。

明日は、福岡で調査をして鳥取へ。