2013年11月30日土曜日

難しい

論文投稿。1種のシノニムを扱った論文。これだけなので、難しいかも、、、。

その後は色々と申請書類を書いて終わり。伊是名島は車中泊になりそうだな。

2013年11月29日金曜日

ジャガイモ

頼まれ仕事を送信した後、時間割について悩む。イマイチ要領を得ず、他の先生に相談。

午後から授業。PDA培地を作成して、土壌微生物を培養する実験。

300g程度のジャガイモを皮を剥いて1口大に切った後、1Lの水で20分間煮る。


ジャガイモを取り出し(学生が食べた)、ガーゼで濾したろ液を再度鍋に戻した後、合計1Lになるように水を加える。

そこに粉末寒天20gとブドウ糖20gを入れて、しばらく沸騰させる。このとき寒天をドバっと入れると、玉になる?


少し冷ましたらシャーレに移して完成。この時に使うお玉は、鍋に入れておいて殺菌しておく。

中学校でできることを目的としているので、煮沸とアルコール以外の滅菌法は用いない。これでも結構、上手くいく。

沖縄の宿泊先とかレンタカーとか予約した後、溜まった書類を眺めているうちに集中力が欠けてきたので終了。

2013年11月28日木曜日

衝撃的

コシビロの解剖標本の整理、と思ったが、結局種名は分からないので、機械的に箱に入れて終わった。

その後、ゼミで本読み。カンブリア爆発のちょっと前に、多細胞動物の多様化が始まったよ、という話。

頼まれ仕事の締切が明日ですよ、というメールが届いた。全く手が付いていなかったので、焦って始める、、、と、大学から、来年の時間割を作成しなさないと。これがかなりの大仕事になりそうで恐い。

3時間弱ほど会議に拘束。かなり衝撃的な報告があった。

頼まれ仕事の終わりが見えた気がしたところで終了。本当に終わるのかは分からないが。

2013年11月27日水曜日

真骨頂

大学の事務処理。簡単に終わるはずだったのだが、結局、一日かけて終わらないことが分かった。そのまま、他の先生方々に送信してみるが、、、。

夏に購入した機器について、業者の方に使い方のコツを教えてもらう。上手く出来ないな〜と悩んでいた問題。結構、根が深いのかも、と判明。業者の方も色々と調べてくれることになった。解決すると良いけど。

普段理科を勉強していない人達向け(体育とか国語とかを勉強している人達)の理科授業。といっても、内容は小学校の内容なので、難しくはなく、なぜ、それを学ぶのかという話の方が重要。

小学校5年生で行う発芽実験。この時期だとインゲンマメの種子が手に入れ難いので、ソラマメとエンドウマメを使ったけど。どうにか成功。空気除去の浸水処理区が少し発芽してしまったけど。


小学生が行う実験なので、内容は難しくないのだが、この単元、実は理科教育としてとても大きな意味をもっている。というのも、(現在は)3年生から理科が始まるのだが、4年生までは基本的にある現象の観察を行うのみである(水蒸気で比較実験するかな?)。

で、この単元では、色々と仮説を立てて、それを解決するための対照実験を行うことになる。正に科学的にものを観ることになり、科学の真骨頂を体感することになる。対照区は、条件を揃えないといけない(太字で書かれている)、とか、本当に重要なことを学ぶことになるのだが、まあ〜、多くの先生はそれに失敗しているのか、大学生でもそれを上手くできていないのが現状、、、といった話をした。

小中学校の生物での頻出実験、ヨウ素デンプン反応もやってみたり。


ナカナカ鋭い学生もいて、呼吸の話をしたら、早速、Wikiで調べて、質問をされて一瞬焦った。これからはこういう時代になるのかなと思った。携帯でのカンニングが色々と問題になっているけど、本当は、これらを使いこなすことの方が重要なんだろうな。インターネットでは教えてくれないことを教えられる先生にならないと、必要ないな、と思われる時代が来るのかな、、、すでに来てる?

大学院生と来年の大学院生とともに統計の勉強。標準誤差とか、サンプル数と分散の関係に苦戦して、ほとんど進まずに終了。まあ、時間がある人達なので、じっくりと。

事務作業の続きに苦戦した後、頼まれていたコシビロの種同定結果を送る。結局、種名は分からず、分けることはできますよ、と、書くのが精一杯。

2013年11月26日火曜日

心音

昨日に引き続き、論文書き。博物館に標本の保管をお願いしたり、DNAの登録をお願いしたりして、英文校閲へ。

まだ、投稿していないが、これで一息つけそうだ。次は、大物2連発なので、しばらくは、研究以外のお仕事に時間を割こうかと。

ということで、まずは、明日の授業の準備。この授業も明日で終わり、、、。でも、補講が必要かな。

聴診器を使って、自分の心音を測る実験。これを実際にやる先生はほとんどいないと思うけど、一応、小学校6年生の教科書に載っている。実際に聴診器で自分の心音を聴くと結構感動するのに。


大学院生がワラジムシ類の交尾器を抜き、大学生がコクワガタの交尾器を抜いていた。そんな一日だった。

2013年11月25日月曜日

オオヒキガエル

ほぼ一日中、論文書きに没頭。大まかなところは終わった。今週中に英文校閲に出して、来週、投稿したいところだが、、、。


先日、毎日新聞に載っていた記事。特定外来種のオオヒキガエルが、準絶滅危惧種のサキシマバイカダを食べている写真。撮影者が気づいたときには、時すでに遅しだったんだろうな。


オオヒキガエルは、元々、サトウキビの害虫駆除のために意図的に日本に導入されたのだが、その驚異的な繁殖能力と捕食能力で在来の生物に多大な影響を与えている。生物導入の難しさを痛感させられる。

やっと、モンスターズインクを観ることができた。最近のジブリは(個人的には)外れが多いが、ピクサーに外れはないな。新しい監督で成功させているところもスゴい。カーズの新作もボチボチ上映らしい。

「やっと」というのは、発売日を間違えて記憶しており、その勘違いした発売日の頃から、アニメを観たいなという衝動を抑えきれず、パプリカイブの時間、を観てしまったため。イブの時間は、ロボット工学3原則と愛情に関する人工知能モノの定番のような話だけど、絵も綺麗で、ナカナカ切なくて面白かった。

パプリカは、夢の中に入り込むお話。夢のお話は、設定がグチャグチャにならないようにして欲しいのだが、途中から現実と夢の境界が良く分からなくなってしまった。そもそもアニメは何でもありなので、夢と現実をもう少し明瞭に区別できる基準を作った方が良かったのかなと思った。夢の中は時計が動かないとかね、、、。でも、きっと、アニメ通と呼ばれる人は好きなのだと思う。

2013年11月22日金曜日

見回り

大学祭の初日。

見回り担当なので、3時間ごとに構内をウロウロする。

拘束時間はそれほどでもないのだが、イマイチ集中できない。

Burmoniscus meeuseiの写真に挑戦するがナカナカ上手くいかない。


SEMも撮影するが、これも使えないかな。


土日は逃亡した方が良さそうだな。

2013年11月21日木曜日

K先生

卒業研究で一緒に解析をしておきたい石垣島のBurmoniscusの解剖。

ゼミで本読み。RNA干渉とか。とても勉強になった。

解剖の続き、会議で1時間ほど拘束されて、解剖してデータ整理。学生と色々とお話して終了。

明日から大学祭が始まる。昨年に続き、今年も見回り担当になってしまった。

某日の毎日新聞に、本学内に建設された伊能忠敬記念碑の記事が載っていた。


K先生の名前が、、、

2013年11月20日水曜日

マッペ

朝一で授業。今日はテストで来週からは他の先生にバトンタッチ。ということで、後期の授業が1つ終了。

解剖標本の種同定をして、午後から授業と統計の勉強。

台湾の標本を全て種同定したが、B. meeuseiは採れていなかった。どうやら間違って種同定したみたい。

しかし、卒業研究で、Burmoniscusの分布を調べている学生が国内の某所から見つけた。国内3カ所目かな。早く報告しなければ。

解剖標本を封入したプレパラートは、このようにマッペに並べて乾燥させてから使用する。


で、種同定が終わると、プレパラートボックスに入れて保管をするのだが、そのボックスが無くなってしまった。


仕方ないので、種同定を止めて、データ入力を進めたところで終了。

2013年11月19日火曜日

コナダニ

明日の授業の準備をしてから、シークエンス結果の整理。

目が痛くなってきたころに、先輩から荷物が届いた。几帳面な梱包だ。


中身は各地のワラジムシ類。


岩手からは予想外の種が見つかった。


シークエンス結果の整理が終わったので、簡単に解析したところ、予想外の結果が、、、と。むむ、嬉しいような、解釈が難しいような、とかなり悩む。で、まさかと思い、DNA抽出した標本を確認したところ、目的の種とは異なる種からDNA抽出していた、、、。

なぜ、こんなミスが起きたのかと言うと、実体顕微鏡の同定を信じてしまったから。さすがに反省して、解剖済みの個体を地道に生物顕微鏡を使って種同定を進めて終了。

かなりの高頻度で解剖用のプレパラートにダニは入って、勝手に標本になっている。コナダニだと思うけど、胴感毛がある気もする、、、ササラダニの若虫?

2013年11月18日月曜日

スズメ

本日、締切の書類を朝一で提出。

審査から返ってきたダニ論文を投稿。色々と事情があって大幅変更したので、再投稿が必要かな?

その後、某EU国の博物館から借りていた標本を発送。

放ったらかしにしてあったシークエンス結果の整理をしつつ、これまた放置してあった本を読む。


スズメ――つかず・はなれず・二千年 (岩波科学ライブラリー〈生きもの〉)

少し前に新聞を賑わせていた、スズメが減っている、と指摘した研究者によるスズメの本。誰でも知っているあの鳥の知らない世界。

スズメは普段の生活でもっともよく見る鳥であることに疑いはないだろう。それもそのはず、スズメは人の近くにしか住んでいないのだ。

スズメが人の近くで生活する理由としては、人がいるおかげで天敵が近寄り難いことが考えられるのだとか。

しかし、このスズメ。人の近くは好きなのだが、人は嫌いらしい。確かに、ちょっとでも近寄れば、スズメはパタパタと飛んで行ってしまう。大正時代の文献には「児童ノ卵雛採集」と書かれているそうで、当時は、子ども達が、遊びで卵やヒナを採っていたのだとか。ということで、人為選択が働いたのかも、と考えているそうで。

日本文化におけるスズメの話しなど、非常に興味深い話しが沢山あるのだが、やはり注目は、スズメが減った、という話。

スズメの農業被害数、スズメの駆除・捕獲数、分布の変遷、および、標識調査、の4つのデータ全てがスズメの個体数減少を示しており、スズメが減少していることはほぼ間違いない。

となるとその理由は?と気になるのが研究者。そこで、著者が立てた仮説は、「巣を作る場所が減った」、「子育てが上手くいかない」、「一人立ちした後、繁殖前に死んでしまう」であった。

よくよく考えるとスズメの営巣ってみたことないな、と思ったら、やはり、スズメは屋根瓦の隙間など、住宅などの構造物の隙間に営巣するらしく、普通に生活していたら見つけるのが難しいみたい。

で、この住宅の隙間に巣を作るという性質が、個体数減少を引き起こした可能性がある。というのも、最近の住宅は密閉性が高く作られており、隙間が少ないので、スズメが営巣できないらしい。

また、住宅地周辺に原っぱが少なくなったため子育ての餌が足りないのも原因と考えられている。事実、筆者らの調査で、農村のスズメは2、3匹のヒナを育てるのに対し、住宅地や商業地のスズメは1匹しか子育てしていないことが分かっている。

繁殖年齢までの寿命はまだ良く分かっていないが、人の生活様式の変化が、人と共に生きてきたスズメを減少させていることが分かってきた。

学生自体の私は、このように人の活動に依存して生きている生き物が、人の生活様式の変化によって減少するのは、特に気にする問題ではないと思っていた。他にも里山とか。

だって、現代人の生活様式が始まったのはたかが数万年前なので、それ以前は、そのような生き物も人の影響無しで生きた訳だから、絶滅することはないだろう、、、と。

ただ最近は少し成長したのか、人の生活に完全に依存してしまった生き物は、その生活様式が急に変わると、その変化に対応することができずに絶滅することもありそうだな、と理解し始めた。

特に、最終氷河期が終わったのが約1万年前であり、日本に人が入ったのが、それ以前であることに気づき(というか、単純に知識不足だけど)、現在の気候になってから、日本の自然は常に人間とともに存在してきたんだな〜と思うようになってからは、人の干渉もそれなりに自然に組み込まれているのかな、と考えられるようになった。

目次
1.スズメの誕生
2.スズメの素顔
3.人がいないと生きていけない?
4.日本史の名脇役
5.農害鳥スズメ
6.スズメが減っているって本当?
7.人とスズメの未来

日本史の名脇役は、著者の博識ぶりが良く分かる。伏見稲荷大社では、スズメの焼き鳥が売っているのだとか。京都に行ったら、食べてみたい。

2013年11月15日金曜日

矢印

東京大産と横国大産のコシビロ論文を投稿。東京大産は問題ない(と思っている)のだが、横国大産がどのように判断されるか。これが出版されれば、日本のコシビロ分類の新しい基準になるかな、、、と。

で、投稿直前になって、悪戦苦闘をしてしまった。Inkscape上では、このように描かれている矢印。


印刷すると、こんな風に、中央に線が入ってしまう。


以前もこのような問題が生じて、どうにか解決したのだが、忘れてしまったのでメモ。色などを指定するウィンドウを出して、


Fill(塗りつぶし?)を無くせばOK。


午後からは、先週、採集した土壌動物の同定実習。5地点目となると、同定能力がかなりアップしていた。

ダニ論文の修正を少しして終了。これも来週中には投稿(再投稿だけど)できそう。

恩師と電話で相談。12月の伊是名島は1名で行くことになった。1人なら、もう少し過密スケジュールでも良かったかな。

2013年11月14日木曜日

お話

コシビロ論文書きしてから、ゼミで本読み。午後、会議×2で3時間ほど拘束されて、さらに論文書き。

で、夕方から学生と色々とお話して一日が終了。

コシビロ論文は明日、投稿できるかな。

2013年11月13日水曜日

クモ

朝一で授業。外来種と生物多様性の話。

午後からの授業の準備でクモを捕まえる。


で、普段は理科を勉強しない学生向けの理科の授業。昆虫やクモの体について観察したのだが、予想通り、クモと甲殻類の触角の数は知らない人が多い。

クモは触角が無く、甲殻類(ダンゴムシ、ワラジムシも)は触角が4本ある。ジョロウグモの頭部を拡大すると黄色くて細長いものが見えるが、これは触肢と呼ばれるクモ形に特有の形質。サソリモドキは、これがハサミ状になっている。


甲殻類の触角の数は知らなくても良いけど、クモは触角が無いことは覚えていて欲しい。

学生と統計の勉強してから、色々とメールを送信。

で、朝一の授業の続き。なぜ、一日に2度も同じ科目を行うのかというと、先月、台風で休講になった分を取り戻すため。

クモを逃がしたりとか、授業の片付けをして終了。明日から多少は楽になるかな。

2013年11月12日火曜日

ウジ虫

明日は後期の佳境で、授業×3がある。ということで、今日は、ほぼその準備で終わった。

授業のネタ探しで見つけた本。


糖尿病とウジ虫治療――マゴットセラピーとは何か (岩波科学ライブラリー)

ウジ虫を使った治療のことをマゴットセラピーと呼ぶ。マゴットとはウジ虫のことで、、、ウジ虫って?、あのウジ虫、、、ハエの幼虫のこと。

ハエなんて汚い虫を使った治療なんて、どこかの部族の話でしょ、と思ってはいけない。足を切断しなければならないほど重傷の患者を治せた例も多々あるらしい。

では、どのような病気を治せるのか。それは壊疽と呼ばれる体が腐敗してしまう病気で、とくに、糖尿病の合併症である足の壊疽の治療に利用されている。

この壊疽を治療するには、壊疽組織を除くこと、細菌感染を制御すること、肉芽組織(新しい体組織)をつくること、が大事で、壊疽の患部にウジ虫を放つと、これを全てこなしてくれる。

人が外科的にこの壊疽組織を取り除くと、間違って正常な組織まで取り除く可能性があるが、ウジ虫は、負の走光性で壊疽組織に侵入するが、深くに入り過ぎると呼吸ができなくなるので、丁度、壊疽組織だけを食べてくれるのだとか。

ただ、前2者は、ウジ虫にとっても利点があるので理解できるが、最後のウジ虫が壊疽組織を食べると肉芽組織が作られるのは、ちょっと不思議。

ウジ虫が出す酵素が役に立っていることが分かってきているのだが、不思議なのは、ナゼ、ウジ虫がヒトの肉芽組織を作る酵素を出すのか、ということ。ヒト(動物)が生きてくれるおかげで、ウジ虫は壊疽組織に出会える、と著者が想像しているが、、、どうでしょうか。

マゴットセラピーの紹介番組がYou Tobeにあったので、興味がある方はこちらを(気持ち悪くないです)。

そもそも、こんな治療法がどうして思いついたのだろうか。数千年前、すでにアボリジニ族やマヤ族が傷の治療のウジ虫を使っていたらしい。また、ナポレオンの従軍医ドミニク・ラレーもまた、ウジ虫が傷の治癒を促進している、と報告しているのだとか。

しかし、近代的な医学に持ち込んだのは、ウイリアム・ベア医師であった。彼は、第一次世界大戦において、7日間野外に放置された開放骨折(骨が見えてる状態)でもあるにも関わらず、感染症を発症していない兵士を不思議に思った。

そこで、兵士の衣服をとると傷口にウジ虫が群れていた。そこで、急いでウジ虫を取り除く、、、傷口が綺麗。ここから全てが始まった。

ウジ虫を治療に利用することがナカナカ受け入れられなかったことは、容易に想像できる。でも、それでも研究を続けたヒトがいるから、現在、この治療法で病気を治るヒトがいるんだなと思うと、ヒトってすげーなと思う。

1.ウジ虫が私たりの傷を治す
2.発見と道のり
3.日本の先駆者
4.昆虫のなかで最も進化したハエ
5.現在のマゴットセラピー
6.なぜ傷が治るのか
7.共に生きる

4章は昆虫の勉強としても役に立つ。苦労話の割合がやや多い気がするけど、色々な研究がキットどこかで役に立つかも、と思える一冊。勉強って役に立つの?とか、役に立つ研究って何?とか、モヤモヤしている人は是非。

シークエンス結果とか、英文校閲が返却されて、やりたくてウジウジしているが、今日は手つかずのまま終了。

2013年11月11日月曜日

マナスル

もしかして大失態ではないのでは、と思いつつ、色々と考えてみるが、ダメだった。

あきらめて地道にダニ論文を修正して一日が終わった。

大学構内に先日建てられた記念碑。


本学は、昔、伊能忠敬が唐津街道を歩いた際に通った道の上に建てられていることを、あのK先生が調べていたのだが、それが急に記念碑となって紹介された。ちなみに、私の母校は、伊能忠敬の生家の近くだった。

昨日の行ってQ、イモトがマナスルを登ったのにはビビった。ネットが荒れるな、と思ったけど、このおかげで、マナスルの初登頂が日本人であることを知れたのは大きかった。

ネットでは、サポートしてくれれば誰でも登れる、と書かれているが、そのサポートする側の人達が登山家と呼ばれるわけで、その人達がスゴいことには変わらないのだが。

好きな番組なだけに、事故で打ち切りだけは止めて欲しい。ちなみに、ハンターハンターは7巻まで終了(天空闘技場でヒソカに負けた)。

2013年11月9日土曜日

決心

ササラダニについて思いを馳せる。

もうササラダニの分類には手を出さない、と決心。

2013年11月8日金曜日

後悔

色々と区切りが付いたので、1800年代の論文をネットで探す作業にハマる。

そんなことしているうちに、英文校閲からプロシーが返ってきたので修正して投稿。

午後は、授業で裏山に登って土壌動物探し。


片付けやら何やらしてたら、とあるメールが、、、大失態をやらかした。かなり大きな後悔。とは言え、仕方ないのでごめんねメールを送る。論文はすぐに書かないといけないな。

とある学生が、ワンピースよりもコッチが面白いよ、と大量に貸してくれた。

2013年11月7日木曜日

拘束

長いこと苦労してきた、東京大と横国大のコシビロ論文。共同研究者からの修正案が戻ってきたので、それを修正して英文校閲へ。来週には投稿できるか。

その合間にゼミで本読み。エピジェネとか、1つの遺伝子領域でも多様な遺伝子発現ができる、という内容。面白かった。

午後は、ハラスメントの講習会に出て、その後、会議と、計5時間ほど拘束された。

疲れたのでシークエンスに出して終了。

2013年11月6日水曜日

キューガーデン

朝一で授業。

先日の標本整理で台湾からBurmoniscus meeuseiが2個体採れていることが分かった。この種は、イギリスのキューガーデンのビニールハウスで最初に見つかり、その後、ブラジル、ハワイ、台湾で見つかった。恐らく、熱帯域に広く生息する種で、熱帯植物をキューガーデンに移植する際に持ち込まれたと考えるのだ妥当だろう。

で、実は、この種に非常に良く似た種(B. kitadaitoensis)が、北大東島から発表されている。これも色々と疑問があるので、決着をつけようとすでにホロタイプのお絵描きは終わっているのだが、色々とあって投稿せずに放置されていた。

もう一息で投稿できそうなので、11種の学名問題の前に、まず、これを片付けよう。ということで、お絵描きの確認とか。


午後からは新しい卒業論文の相談。対象はヒト。新兵器を使うのだが、ま〜どうにかなりそう。

その後、学生と一緒に統計の勉強。

キットが届いたので、PCR産物の精製をして、シークエンスの準備。メールを見たら、色々と重要メールが届いたので、それについて考えたところで終了。

2013年11月5日火曜日

プロシー

朝一で、昨日設置して帰ったPCRの泳動。全て綺麗なバンドが確認できたので精製。しかし、あと少しのところでキットが無くなってしまった。明日、シークエンスに出せると良いのだが。

明日の授業の準備をしてから、コスタリカプロシーディングを片付ける。プロシーは英文校閲へ。

その後、大学院生にSEM撮影を教えて、共同研究者に結構前に送って頂いた和歌山、奈良、神奈川のワラジムシ類の標本を整理して、査読業務に少し手を出したところで終了。

2013年11月4日月曜日

複数

先日、複数のバンドが確認されたBurmoniscusの12S。アニーリング温度を4度上げてPCRにかけてみる。その後、神奈川のコシビロのDNA抽出の続きへ。

その合間に、訪問してくれた卒業生と自炊PDFについてお話。

そうこうしているうちにPCRが終わったので、コシビロをPCRにかけて、Burmoniscusを泳動へ。どうやら今回も複数バンドが出た。困ったな。

PCRの待ち時間にコスタリカプロシーディングを少し進めて終了。


生態学会、忘れる前に登録。まだ、何も結果が出ていないが、今回はこんな感じで。分子系統とGISをどうにか混ぜたいのだが、、、。


金曜日の懇親会の一場面

2013年11月2日土曜日

変なヤツ

昨日の特別セミナーは勉強になった。また、調査地点数が1200もあったのに驚いた。九州にある30km以上の川は全て(?)調査したらしい。

九州の生物相成立における火山の影響など、まだまだ、勉強することが沢山あるなと考えさせられました。

今日は、PCR産物を精製してシークエンスへ、と思ったが、もう少しサンプル数を増やしてもシークエンス代はほとんど変わらないことが分かったので、急遽、昨日届いた、神奈川のトあるところで見つかった変なヤツ(コシビロ)、のDNA抽出を始める。