2017年12月14日木曜日

性決定メカニズムが多様化

文献探しで午前中が終了。

昼から統計ゼミ、会議、PCR実験で終了。

別の文献を探していて偶然見けた重要な論文。

Diversity and evolution of sex determination systems in terrestrial isopods.
Becking et al. (2017) Scientific RepoRts, 7: 1084.

ワラジムシ類の性決定メカニズムが多様化していることを示した研究。

ちなみに、ワラジムシ類の性決定は、遺伝的には性染色体で決定し、表現型は性ホルモンが分泌されることで決まる。

内容としては、系統樹を作成して、性決定の進化パターンを示しただけだが、実験方法がとても勉強になる。

まず、系統樹作成に関しては、トランスクリプトームのデータを用いて88の遺伝子マーカーで作成している。陸生ワラジムシ類としては、初めての利用と思われる。

ただ、この方法はお金もかかり大変なので、と親切なことにサンガーシーケンス用に10個のプライマーを作成してくれた。これがワラジムシ類の系統解析のスタンダードになるのかな?

で、もう一つ厄介な性決定様式の解明。と言うのも、ワラジムシ類の性染色体は、形の違いが乏しいので、スタンダードな核型分析は適用できない。

近年では、分子生物学的な手法も色々と開発されているが、それをすぐに適用できる状況でもない。

そこで、造雄腺の挿入によるメスのオス化を使って検証している。これがなかなか面白い。

メスがヘテロと仮定した場合、つまり、オス/メス=ZZ/ZWのとき、


と仮説が立てられる。また、メスがホモと仮定した場合、つまり、オス/メス=XY/XXのとき、


と仮説が立てらるので、F1の性比で検証できる。

結論としては、解析した対象だけでも3回の性決定様式の進化が認められた。ボルバキアによる性染色体の消失が効いていると予想している。

2017年12月13日水曜日

羽生、武豊、イチロー

ダニ、サソリモドキ、ワラジムシ、ザトウムシに続き、新たな分類群に手を出した。

DNA抽出からのPCR。

mt 16Sは、バンドがすごいことに。プライマーが古いことが影響しているのかな、、、?


核はなかなか良い感じ。


あとは、本読みゼミ、論文書きで終了。

雪が本格的に降っているが、あまり積もらない。積もってくれれば、調査を諦められるのに。

将棋の羽生さんが、囲碁の井上さんと一緒に国民栄誉賞をとるかも。過去の受賞者と比べても、業績は全く見劣りしない。

ただ、羽生、武豊、イチローの天才っぷりを見てきた年代なので、この3名で一緒の受賞が良かった(一緒に受賞する理由がないけど)。

2017年12月11日月曜日

不明

調査に行く予定だったか、天気が悪そうなので中止、、、ことごとく雨雲情報が外れ、どうにか調査できたのではと思った。

そのおかげで、授業の準備が進んだ。

エラーがでて困っていた、library(tcltk)。

いつの間にか出なくなったが、その間に、OSのアップデート、Rのversionアップやlibraryのこねくり回し、tcltkの再インストールなど、色々と試したので、何が原因だったのかは不明。

2017年12月8日金曜日

無限地獄

電気泳動の説明×2。

コシビロは、ことごとく2つのバンドが確認された。


あとは授業をして、maxent解析は、終わった、、、ミスだ、、、の無限地獄にはまった。

ミスを見つけたところで終了。

2017年12月7日木曜日

"-h", "-q", "-p"

昨日の図のミスは、ちょっとしたコマンドのミスだったのだが、よくよく結果を眺めてたら大きな問題があることに気づいた。

とある種の気候要因と出現確率の関係。BC-01は平均気温なので、この結果から本種は高温環境を好むと予測されるのだが、私の感覚とはずれている印象。


他の要因との関係でこんな感じになるのか〜とか思っていたが、大きな問題に気づいた。

mod1<-maxent(bio.use, locations, a=bg, args=c("-h", "-q", "-p", "-P", "jackknife=true"))、と、こちらの論文を参考にしてMaxentを動かしていた。

"h", "q", "p"は、説明変数を"hinge features"、"quadratic features"、"product features"として扱うことを指示するのだが、"-"を"指定"と勘違いしていたが、実際には"マイナス"で「扱わない」ことを指定していることにやっと気づいた。

つまり、上記のコマンドでは、"linear features"としか扱ってはいけない、と指定していた。

そもそもデフォルトは、4つ全てを可としているので、全てを考慮するには、

mod1<-maxent(bio.use, locations, a=bg, args=c("-P", "jackknife=true"))、とすれば良い。

直感とも良く合う関係性が認められた。


また、図の作り直しだ、、、投稿前に気づいて良かった。

あとは、授業の準備、PCRの説明、会議に参加、などで終了。

2017年12月6日水曜日

ミスが発覚

PCR産物の精製をしてから、昨日作成した図を綺麗に整頓して、、、ミスが発覚。


やる気がなくなったところで午前中終了。

昼から、PCRの説明をして、本読みゼミ。

その後、シーケンス1plate分の準備、図の作成で終了。

ピペットのチップを純正から安物に変更したが、やはり違和感がある。ちゃんと吸えていれば問題ないが、不安だ。

2017年12月5日火曜日

貴重な標本

午前中は、論文の図の作成と解析の最終チェック。

午後、学生実習、そして、図の作成の続きで終了。

気になっていた種のタイプ標本を貸して頂いた。

貴重な標本なので、休日の静かなときに扱う。